Научный Open Source Опции

[Гость_Nils_*]

Тут будем рассказывать об Научном Open Source.


Scientific Linux

Пара скриншотов

SL - это релиз Linux, который создан совместными усилиями Fermilab и CERN при поддержке различных лабораторий и университетов со всего мира. Его исходной целью было стремление уменьшить дублирование усилий лабораторий и иметь общую инсталляционную базу для различных экспериментов.

Scientific Linux - официальный сайт (SL)


Полезные ссылки
Обзор свободных программ для численных расчётов

[Nils]

Использование TraitsUI в написании графического интерфейса научных программ

Читаем на английском Writing a graphical application for scientific programming using TraitsUI



Python(x,y)

Официальная страница проекта

Python(x,y) - это бесплатное научное и инженерное ПО для численных расчетов, анализа и визуализации данных на основе языка программирования Python, графического интерфейса Qt и интегрированного рабочего окружения Eclipse.

[Nils]

Blender

Страница проекта

Blender — пакет для создания трёхмерной компьютерной графики, включающий в себя средства моделирования, анимации, рендеринга, постобработки видео, а также создания интерактивных игр.

Описание в википедии

Мультфильм "Big Buck Bunny" создан целиком при помощи свободного пакета 3D графики Blender.

Книга "Blender Basics 3-е издание" на русском языке

Книга Blender Basics не просто еще одна из ряда документации по Blender. Джеймс Кронистер написал это учебное пособие основываясь на своем двухлетнем опыте преподавания 3D-моделирования и анимации студентам Central Dauphin Hight School. Книга представляет собой готовый курс по трехмерной компьютерной графике. Каждая глава расчитана на 2 академических часа и включает теоретическую часть, на базе которой выполняеться практическое задание, приведенное в конце каждой темы. Для преподавателей информатики и компьютерной графики это просто находка! Проставив справа от каждой главы в оглавлении книги "2 часа" они получают готовый тематический план курса.

Предлагаем всем поучаствовать в акции "Трехмерное моделирование для школьников и студентов":

* Распечатайте книжку на обычном лазерном принтере
* Сделайте цветную копию обложки
* Проброшурируйте все в любой компании, занимающейся типографией (стоит всего 60р)
* И отнесите красиво оформленный вариант книги вместе с BlenderCD преподавателю информатики или компьютерной графики в свой институт или школу.

On-Line версия Blender Basics

 BlenderBasics_rus.pdf ( 18.57 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 801

[Nils]

Русский перевод руководства OpenFOAM

Ребята с "www.os-cfd.ru" сделали перевод руководства. Большое им спасибо!
 OpenFoam.zip ( 1.96 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 1667

Подробнее тут

Материалы на тему:
Верификация пакета OpenFOAM Бычков И.М. (ЦАГИ)
 OpenFOAM_profile_verification_2008.pdf ( 676.35 килобайт ) Кол-во скачиваний: 5911

Возможности численного решения задач аэродинамики при использовании программ с открытым исходным кодом Бычков И.М.
 OpenSourceReview2007.pdf ( 75.45 килобайт ) Кол-во скачиваний: 4804

[Nils]

Вышел Scilab 5.2.0

Подробнее тут

[Nils]

UGENE 1.6.0

UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.

Основные возможности:
* Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
* Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
* Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
* Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
* Филогенетический анализ с помощью Phylip;
* Поиск сайтов рестрикции;
* Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
* Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
* Поиск открытых рамок считывания;
* Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

Сайт проекта

[serg666]

Зачастую трудно найти готовый софт для решения требуемой задачи. (IMG:style_emoticons/default/skonfuzen.gif)
Поэтому приходиться писать самому.
На мой взгляд QT наилучший OpenSource инструмент для этих целей.

Официальный сайт

Литература по QT на sci-lib

[Nils]

PETSс (the Portable, Extensible Toolkit for Scientific computation)

Официальный сайт проекта

Руководство пользователя по библиотеке PETSc:
 Perevod_PDF.pdf ( 1.94 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 2000

Перевел Г.И.Шпаковский. (IMG:style_emoticons/default/az.gif)
Белорусский государственный университет Факультет радиофизики и электроники.

Еще одна книга на русском и сайт о PETSc на английском

Пакет PETSc (the Portable, Extensible Toolkit for Scientific computation) содержит набор средств для параллельного (а также и последовательного) решения дифференциальных уравнений с частными производными (ДУЧП), которые требуют решения больших разреженных систем нелинейных уравнений. PETSc включает в себя средства решения линейных и нелинейных уравнений, основанные на использовании разнообразных методов Ньютона и методов подпространств Крылова. PETSc способен оперировать с различными параллельными форматами матриц, включая хранение сжатыми рядами, блочно-сжатыми рядами и блочно-диагональное.

PETSc спроектирован с учетом расширяемости, поэтому пользователи могут включать собственные солверы и структуры данных при использовании пакета. Пакет также поддерживает интерфейс к различным внешним программным пакетам, включая BlockSolve95, ESSL, Matlab, ParMeTis, PVODE, и SPAI.

PETSc может использоваться в программах на языках C, C++ и Fortran. Для обеспечения обменов в пакете используется MPI.

PETSc имеет различные свойства, облегчающие его использование прикладными программистами. Пользователи могут создавать законченные параллельные программы для параллельного решения ДУЧП без написания большого количества явных процедур передачи сообщений самостоятельно. Параллельные векторы и разреженные матрицы могут быть легко и эффективно собраны с использованием механизмов, реализованных в пакете. Более того, PETSc открывает большие возможности для контроля во время исполнения программы без какого-либо дополнительного пользовательского программного кода. Опции пакета включают в себя управление выбором солвера, предобуславливателя, параметров задачи, а также генерацию логов производительности.

[Nils]

SourceForge.net и GoogleCode теперь закрыты для пользователей из стран, неугодных США

Один из самых крупных сайтов для разработчиков открытого программного обеспечения SourceForge.net был закрыт для пользователей из «неблагоприятных» стран, сообщает Arab Crunch. В черный список попали Куба, Иран, Сирия, Ливия, Судан и Северная Корея.

Пункт, в котором рассказывается, что пользователей из вышеперечисленных стран внесли в черный список, появился в ToS ресурса. Кроме того, жителям этих же стран закрывают доступ к GoogleCode. Эти запреты, инициированные госорганами США, фактически лишают разработчиков из стран "черного списка" участвовать в развитии и разработке open source.

Примечательно, что событие произошло почти одновременно с выступлением Госсекретаря США Хиллари Клинтон на тему свободы в Интернете, в котором она заявила, что у всех пользователей должен быть равный доступ к инновациям, информации и идеям. Напомним, США сейчас активно бодается с Китаем на тему Гуглосвободы - по мнению некоторых аналитиков, вся эта история была специально высосана из пальца ради того, чтобы Хиллари могла красиво выступить в честь годовщины своей работы в должности госсекретаря. Проще говоря, нужен был образ врага, причем аккурат к 21 января.

Таким образом видно, что двойные стандарты американской политики никто не отменял. Однако теперь это касается и программирования: бан разработчиков из «неугодных» стран противоречит самой идее создания свободного программного обеспечения и делает его не таким уж свободным.

Новость взята тут

От оно как (IMG:style_emoticons/default/blink.gif) ... вот тебе жаль SourceForge.net хороший проект, теперь из-за США, думаю, нарушается открытая лицензию... (IMG:style_emoticons/default/sad.gif)

[metelev_sv]

В январском линукс формате (январь 2010, №126-127) есть статья под названием "С++ матрицы и векторы" и подзаголовком "Семен Есилевский рассматривает четыре библиотеки, реализующих концепции линейной алгебры, и проводит сравнение их производительности." Не пользовался ни одной из вошедших в обзор библиотек, но обзор понравился. Может кому интересно.

Для просмотра этого блока Вам необходимо создать не менее 100 сообщений

Прикрепленные файлы

 126_127.pdf ( 16.46 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 709

 

[Wild Bill]

HSL - библиотека научных программ.

Представлены программы для различных областей численного анализа.
Официальный сайт. Присутствует и бесплатная часть, только надо зарегистрироваться.

[Wild Bill]

SPHysics - SPH пакет для расчёта течений со свободной поверхностью.

Написан на Фортране для 2D и 3D случаев, есть вариант для параллельных вычислений. Вывод для визуализации в Matlab и ParaView.

[Wild Bill]

Возможно, несколько на в тему...

SuperLie - пакет для системы аналитических вычислений Mathematica, позволяющий работать в алгебрах и супералгебрах Ли.

[Wild Bill]

Интересная страничка по вычислительным пакетам для работы с матрицами:
Homepage of Raf Vandebril
Программы на C++, Fortran, Matlab и документация.

По одному из пакетов есть книга (в сети есть (IMG:style_emoticons/default/smile.gif) )

Matrix Computations and Semiseparable Matrices: Linear Systems (Volume 1)
By Raf Vandebril, Marc Van Barel, Nicola Mastronardi

Publisher: The Johns Hopkins University Press
Number Of Pages: 584
Publication Date: 2007-12-18
ISBN-10 / ASIN: 0801887143
ISBN-13 / EAN: 9780801887147

[Nils]

gnuplot 4.4.0

Сайт проекта

13 марта 2010 вышла новая версия популярной программы для построения графиков gnuplot. Некоторые значительные изменения, по сравнению с серией 4.2, вышедшей пару лет назад:

* Использование библиотек pango, cairo и wxWidgets позволяет получить красивые сглаженные графики. Новые драйверы вывода: pngcairo, pdfcairo, wxt.
* Интерактивная работа с графиками при помощи HTML5 canvas (пример).
* Улучшена интернационализация, поддержка UTF-8.
* Поддержка прозрачности и альфа-каналов в выходных изображениях. Изображение формата PNG можно использовать прямо на графике как элемент построения.
* Дополнительные стили построения линий: circles, rgbalpha.
* Командный синтаксис расширен, в том числе, теперь есть циклы. Пример:

Код

      plot for [i=1:10] foo(i)
      plot for [file in "a.dat b.dat c.dat"] file

По материалам


GraphViz: примеры создания графов и взаимосвязей

Есть много типов данных, которые можно и нужно представить наглядно в виде зависимости одного от другого. Это и генеалогическое дерево, и взаимосвязь проектов друг с другом, и многое другое. Это всё можно вручную отрисовывать в Inkscape, а можно последовать UNIX-way и доверить это GraphViz. Немного своих находок и зарубок на память - пример возможностей GraphViz.

Подробнее тут

[Wild Bill]

Ernst Hairer - Программы для решения нежёских и жёстких сисдем ОДУ. Программы на Fortran и Matlab.

Также на gigapedia.com можно скачать книги:

Solving Ordinary Differential Equations I: Nonstiff Problems (Springer Series in Computational Mathematics)
By Ernst Hairer, Syvert P. Nørsett, Gerhard Wanner

Publisher: Springer
Number Of Pages: 528
Publication Date: 2008-03
ISBN-10 / ASIN: 3540566708
ISBN-13 / EAN: 9783540566700
Binding: Hardcover

и

Solving Ordinary Differential Equations II: Stiff and Differential-Algebraic Problems (Springer Series in Computational Mathematics)
By Ernst Hairer, Gerhard Wanner

Publisher: Springer
Number Of Pages: 614
Publication Date: 2010-03-08
ISBN-10 / ASIN: 3642052207
ISBN-13 / EAN: 9783642052200

[Wild Bill]

The DOE ACTS Collection

Коллекция проектов программ и средств разработки для создания высокоэффективных научных приложений для суперкомпьютеров.

• Оптимизация
• Дифференциальные уравнения
• Линейные системы
• Нелинейные алгебраические уравнения
• Дифференциально-алгебраические уравнения

и многое другое.

[Nils]

Nils, извини, но интересуясь этой тематикой, не нахожу ссылок.

Здесь нет обиды, но просто действительно не хочется засорять тему зря.

Вот ссылка на caelinux уже была
http://www.caelinux.com/CMS/

а там сразу на Code-Saturne на первой же странице со ссылкой
http://rd.edf.com/107008i/Home-fr/Research...de-Saturne.html

Не знаю что тут можно не найти?! ... тему я почищу! Но буду рад описанию и рецензиям на русском языке, ссылки по 100 раз и посты пустышки только отнимают вниманию от нормальных постов учитывая, что тема справочная, а не просто так чтобы потрепаться.

[serg666]

Библиотечные системы (Каталогизация и др.)

Koha
Emilda
PMB
GCstar
Tellico
OpenBiblio
evergreen

[Wild Bill]

JaxoDraw

JaxoDraw - java программа для рисования фейнмановых диаграмм. Имеется полный GUI, который позволяет выполнять все действия с помощью drag-n-drop. Также возможна точная настройка диаграмм также посредством командных скриптов. Диаграммы могут быть экспортированы в PostScript и могут быть сохранены в файлах XML. Платформы: Linux, Windows и MacOS.

JabRef

JabRef - OpenSource-менеджер для ведения библиографии. Родным форматом файла, используемым JabRef, является BibTeX, стандартный формат библиографии LaTeX. JabRef выполняется на java-VM (версия 1.5 или более новый), и работаeт одинаково хорошо под Windows, Linux и Mac OS X.

Оффтопик: 2 serg666 А можно краткое описание?

[Nils]

Open Source CFD International Conference 2010
Date: 4th & 5th November

Подробнее тут

[Nils]

Вышел CAElinux 2010

Официальный сайт

(IMG:http://www.caelinux.com/CMS/images/stories/Screenshots/caelinux2010S.jpg)

After more than one year of developments, the new CAELinux 2010 is now officially released.

CAELinux 2010 is based on the recent Ubuntu 10.04 LTS 64bit distribution and contains a unique suite of open source simulation tools like Salome_Meca 2010, Code-Aster 10.1, Code-Saturne 2.0, OpenFOAM 1.7, Elmer 5.5 and many others. CAELinux 2010 represents a complete rebuild of the distribution with up-to-date software for a better support of modern hardware and a significantly enhanced ease of use, and we hope that you will enjoy it. This release is only available in the form of an liveDVD ISO image that can be burned on a DVD or installed on a USB key for "mobile" use and testing and then installed on hard-disk for best performance.

The features / programs included in CAELinux 2010 distribution are the following:

• LiveDVD distribution based on Ubuntu 10.04 LTS 64 bit with Kernel 2.6.32-24
• Runs directly from the DVD or from USB key without any installation
• Optional installation to hard disk with the simple Ubuntu installer
• Dedicated to CAE , scientific computing and mathematical modelling with emphasis on finite element simulation and computational fluid dynamics
• Includes the integrated 3D pre-/ post / FE solver package SALOME_MECA 2010 (GPL, developped by EDF, France) which represents the fusion of Salome v5.1.3 GUI and Code-Aster STA10.1 finite element solver (updated, GPL)
• Offers a complete solution for CFD with OpenFOAM 1.7 , Gerris and Code-Saturne 2.0 solvers
• Contains several 2D & 3D CAD/pre/post packages: Paraview, OpenDX, EnGrid 1.2, Elmer GUI, Netgen, Tetgen, GMSH v2, Salome v.5.1.3 & QCad
• Includes other simulation softwares for multiphysics simulation: Elmer v5.5 , Calculix v2.1, Impact, MBDyn, Dynela, Fenics
• Offers several scientific tools like GNU Octave (+ QtOctave GUI ), R & Rkward, Scilab, wxMaxima, Scipy, Latex and a full set of developpement tools / compilers.

PS (IMG:style_emoticons/default/total_sc.gif)

[Wild Bill]

А теперь вопрос дилетанта в Linux! А его под CentOS 5.5 собрать можно? Я установил эту систему и меня одалевают сомнения о пригодности для неё программ под Ubuntu и Debian.

[Nils]

А теперь вопрос дилетанта в Linux! А его под CentOS 5.5 собрать можно? Я установил эту систему и меня одалевают сомнения о пригодности для неё программ под Ubuntu и Debian.

CAELinux - это дистрибутив, а не пакет. Раньше CAELinux строился на базе PCLinux, не знаю родственник он CentOS или нет, теперь строится на базе Ubuntu. deb пакеты можно переделывать в rpm пакеты, например, для Fedora, но насколько реально таким образом транслировать, например, Code-Aster и будет ли это потом работать я судить не могу.

Думаю, единственная альтернатива CAELinux - это каждую конкретную программу собирать из исходников, с соответствующих каждой конкретной программе сайтов. Дело это муторное, думаю, для многих проще и реальнее ставить CAELinux, где уже все установлено.

[Wild Bill]

OpenLB - open source lattice Boltzmann code.

Официальный сайт

OpenLB ...

... библиотека для моделирования уравнений Больцмана на решётке
... код написан на C ++ и может использоваться, чтобы моделировать физические явления, с упором на CFD.
Ядро основано на множестве моделей Больцмана на решётке.
Исходный код является модульным и может легко быть расширен прикладными программистами.

... подходит для высокоэффективного вычисления
Библиотека оптимизирована для одного процессора.
Эффективная паралеллизация достигнута с помощью MPI. Хорошая масштабируемость на тысячах ядер, и достигнута эффективность до нескольких миллиардов обновлений местоположения частиц в секунду в трехмерных приложения.
Достигнута оптимизация памяти в случае нерегулярных границ области.

.... общий код
Исходный код является бесплатным и может использоваться в соответствии с лицензией Gnu General Public License V.2 (GPL2).
В настоящее время участвуют разработчики из разных стран, и новые разработки приветствуются.

... и больше
Поддерживаются контрольные точки для последовательного и параллельного выполнения программы.
Представление данных в формате VTK позволяет визуализацию и анализ данных с внешними программами, например, Paraview.
Поскольку библиотека основана на простых концепциях, она подходит для обучения расчётам в и на решётке.

[Nils]

Под открытой лицензией вышла книга "Free Pascal и Lazarus: Учебник по программированию"

Free Pascal и Lazarus: Учебник по программированию
Е.Р. Алексеев, О.В. Чеснокова, Т.В. Кучер
ALT Linux, 2010, ISBN
Формат: 70x100/16. Тираж: 1000 экз.. 438 с

 freepascal.pdf ( 5.08 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 2004


Или тут

Авторы книги давно хотели написать учебник по программированию, который был бы полезен пользователям различных операционных систем. Благодаря компании ALT Linux, мы попытались это сделать. В качестве языка программирования был выбран язык Free Pascal, который представляется нам ясным, логичным и гибким языком и приучает к хорошему стилю программирования. Свободно распространяемые компиляторы языка Free Pascal реализованы во многих дистрибутивах Linux, есть свободные компиляторы и для ОС Windows. Кроме того, в этой книге мы попытались познакомить читателя с принципами создания визуальных приложений в среде Lazarus. В настоящее время существует множество подходов к изучению программирования. По мнению авторов, нельзя изучать программирование на каком-либо языке, не изучив методы разработки алгоритмов. Одним из наиболее наглядных методов составления алгоритмов является язык блок-схем. Об этом свидетельствует и многолетний опыт авторов преподавания программирования. Мы попытались написать учебник по алгоритмизации и программированию, насколько нам это удалось — судить читателю.

Авторы надеются, что читатель имеет первоначальные навыки работы на персональном компьютере под управлением ОС Linux или Windows и знаком со школьным курсом математики.