Gaussian Опции

[asp99]

Здравствуйте, может быть, кто-нибудь знает, где можно скачать этот пакет в Сети (с "лекарством").

[eurisco1]

asp99 Дата 14.03.2008, 10:22 вопрос, что такое RI-Hartree-Fock and RI-DFT

ycheff Дата Вчера, 16:52
RI - resolution of identity - "Предположение идентичности" дополнительного базисного набора, используемого при описании межэлектронного отталкивания, спин-орбитального взаимодействия и др.

В целом правильно - при RI - вычислении применяются два базисных набора (основной и вспомогательный, см. пример)
Пример:
auxiliary basis sets for B-F (TZVPP):
s p d f g
basis 62111 411 11 1
jbas (RI-DFT) 3111111 111 111 1
jkbas (RI-HF) 1111111111 1111111 11111 11 1
cbas (RI-MP2) 11111111 111111 2111 111 1

-Goal: RI errors 1 order of magnitude smaller than energy changes due to basis set changes
-use atom centred Gaussians, but different sets for J, K, and MP2
-optimization: minimize at the atoms.

скоро подготовлю маленькую презентацию (IMG:style_emoticons/default/skonfuzen.gif) (по мотивам одной общедоступной работы, скачанной забыл
откуда ) , где будет пояснено - RI - следствие применения аппроксимирующей функции (произведение орбиталей заменяется суммой ортиталей "вспомогательного" базисного набора).

ps

маленькую презентацию

Эта работа часть лекции по программному пакету Turbomole. Прикрепляю её без изменений. (IMG:style_emoticons/default/skonfuzen.gif)

Сообщение отредактировал eurisco1 - 25.03.2008, 17:23

Эскизы прикрепленных изображений

 

Прикрепленные файлы

 RI_lecture_Turbo.pdf ( 789.08 килобайт ) Кол-во скачиваний: 2275

 

[asp99]

Благодарю за советы, скачал программу ORCA, начинаю разбираться. А существуют ли программы для визуализации результатов расчетов, полученных ORCA (аналог GaussView и подобных)? В одной из публикаций видел ссылку на gOpenMol, кто-нибудь слышал о ней? (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif)

[eurisco1]

asp99 Дата 16.04.2008, 7:35 А существуют ли программы для визуализации результатов расчетов, полученных ORCA (аналог GaussView и подобных)? В одной из публикаций видел ссылку на gOpenMol, кто-нибудь слышал о ней?

и слышали, и видели, и пытались использовать. Кроме того пытались использовать VMO.... Но не очень уж удачно.
Не удалось заставить их работать нормально ...
Видимо, можно посоветовать генерировать в ОРКА куб-файлы для GaussView.
Впрочем, планирую настроить для визуализации процесса оптимизации другую программу ...

[eurisco1]

Имеет смысл уточнить:
1. Для просмотра шагов оптимизации и частот валентных колебаний лучше всего подходит Molden весрии 4.6 или его OpenGL разновидность gMolden (http://www.cmbi.kun.nl/molden/howtoget.html). Программа понимает нативный выходной файл ORCA и не требует использования конвертера orca_pltvib;

2. Для визуализации молекулярных орбиталей можно использовать вариант с *.cube - файлами формата Gaussian (об чём упоминалось выше)


а если нужна только одна из точек (например, оптмизированная геометрия), то можно вырезать -> вставить в gjf - файл (с любым Route Section) - получить красивую картинку. (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif)

[Ллюль]

Кто-нибудь считал в гауссиане УФ спектры поглощения молекул? Если кто знает, подскажите как это делать.

[eurisco1]

Кто-нибудь считал в гауссиане УФ спектры поглощения молекул? Если кто знает, подскажите как это делать.

Я не специализируюсь на УФ спектрах поглощения, но попытаться помочь могу. В приложении некоторые примеры
job-файлов.

Прикрепленные файлы

 TO_Uv_Vis.zip ( 2.03 килобайт ) Кол-во скачиваний: 766

 

[eurisco1]

Имеет смысл добавить

Прикрепленные файлы

 1.ZIP ( 867 байт ) Кол-во скачиваний: 726

 

[Ллюль]

Я так понял, визуализации спектра нет. Я не совсем понял, что на выходе тут нужно смотреть, чтоб с экспериментом сравнивать.

[eurisco1]

Я так понял, визуализации спектра нет. Я не совсем понял, что на выходе тут нужно смотреть, чтоб с экспериментом сравнивать.

гАуссиан выдаёт только энергии, а не сам спектр.
Для визуализации можно (обычно рекомендуют) использовать

SWizard is a user-friendly program (supported OS: MS Windows 2000, Windows XP) for postprocessing of spectral data. A spectrum is convoluted as a sum of Gaussian, Lorentzian, or pseudo-Voigt functions.

For UV-Vis spectra, the program reads excitation energies and oscillator strengths directly from output files and produces electronic spectra of molecules in the ASCII data format.

For IR/Raman spectra, the program reads the vibrational frequencies and intensities directly from Gaussian 98/03 or "free-format" files and produces vibrational spectra of molecules in the ASCII data format.

The generated SWizard data files can be readily imported to Excel, JPlot, KaleidaGraph, Origin, Quattro Pro, SigmaPlot or any other similar programs.

http://www.sg-chem.net/swizard/

или Gabedit

Вот ещё полезная сссылка
https://www.wiki.ed.ac.uk/display/EaStCHEMr...ian+calculation

в .out файле нужно смотреть (если я правильно понимаю) (из примера test569.gjf первый внутренний линк )

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State 1: ?Spin -E2U 1.6506 eV 751.17 nm f=0.0000
23A -> 24A 1.01603
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(RPA) = -231.756193812
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State 2: ?Spin -E2U 1.6509 eV 751.03 nm f=0.0000
22A -> 24A 1.01600

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 3: ?Spin -?Sym 2.1725 eV 570.71 nm f=0.0000
22A -> 25A 0.71879
23A -> 26A 0.72080

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 4: ?Spin -?Sym 2.2089 eV 561.30 nm f=0.0000
22A -> 26A -0.69337
23A -> 25A 0.73658

и т.д.

[ycheff]

Gaussian 03W Rev. E-01

Для просмотра этого блока необходима регистрация

[Ллюль]

Вышел Gaussian 09.

[opeth]

Про решение задачи об UV-VIS спектрах - это методы TDDFT и TDHF, потребуется работа с ними. О визуализации спектров - такое ПО, как ChemCraft и GaussVIew версии 4 с этим справляются - просто откройте log-файл.
ycheff, самое главное написать забыли Вы: в комплекте Gaussian 03 E1 для Windows (который с руборды), это не полный дистибутив, это программа-обновление, которая обновляет Ваш G03W до Е01. Для него требуется предустановленный G03W или правка реестра

Сообщение отредактировал opeth - 25.08.2009, 13:54

[Ллюль]

Тестовые расчёты на процессорах видеокарт:

http://www.nvidia.com/object/computational_chemistry.html

[Ллюль]

колитесь, у кого получалось запустить gaussian с линдой в параллельном режиме на нескольких компах?