MOPAC & GAMESS, химическое моделировани Опции

[zveroboy82]

Собственно вопрос, кто сталкивался с задачей расчета площади поверхности молекулы?
Как я понимаю в пакете ChemBioOffice есть пакеты для мат. моделирования GAMESS и MOPAC. В них и можно получать расчетные характеристики молекул. Вот только понятных мануалов как то к ним немного. А параметров, при расчетах, надо очень много задавать.
Может кто моделировал? Подскажите где можно найти описание.

[Alexa]

Занимаюсь физической химией ПАВ.
Предполагаю, что в водных растворах, такие циклические расправленные структуры как у вас на рисунках не существуют. А гидрофобные углеводородные "хвосты" изгибаются таким образом, чтобы как можно меньше взаимодействовать с водой.
Также, возможно, что образуются в растворах более сложные агрегаты (подтверждения образования таких агрегатов для циклических молекул, например, для каликсаренов, в которых гидрофобность выражена гораздо меньше встречаются в литературе все чаще).

Мне кажется, что даже если при оптимизации геометрии в вакууме (или однородной среде) стабильной окажется такая "расправленная" циклическая структура, в водных растворах из-за сольватации молекулами воды положительных групп пиридина и разрушения структуры воды при контакте с гидрофобными хвостами последние будут стремиться к самоорганизации как в аналогичных мицеллярных растворах. Посчитать квантово-химически такие системы с молекулами воды будет достаточно трудоемко.

Поэтому думаю, что к расчетам переходить рановато.
Подтвердить наличие агрегатов может, например, исследование зависимости радиуса экспериментально определенного радиуса частиц от их общей концентрации в растворе. Только начинать нужно с очень маленьких концентраций, что бы не пропустить возможного скачка на зависимости.
Также может помочь исследования при разных ионных силах раствора.
Я так понимаю Вы за границей работаете, тогда можно попробывать найти cryo-EM и посмотреть, что там все таки находиться в растворе.

Сообщение отредактировал Alexa - 25.06.2011, 17:17

[zveroboy82]

Занимаюсь физической химией ПАВ.
Предполагаю, что в водных растворах, такие циклические расправленные структуры как у вас на рисунках не существуют. А гидрофобные углеводородные "хвосты" изгибаются таким образом, чтобы как можно меньше взаимодействовать с водой.
Также, возможно, что образуются в растворах более сложные агрегаты (подтверждения образования таких агрегатов для циклических молекул, например, для каликсаренов, в которых гидрофобность выражена гораздо меньше встречаются в литературе все чаще).

Вы, скорее всего, совершенно правы. Действительно, при достаточно высоких концентрациях, на спектрах SAXS отчетливо видно область соответствующую эллиптическим частицам порядка 30-40 нм. Я предположил, сначала, что вещества эти неустойчивы и идет полимеризация. эти частицы следствие образования полимера. Однако, агрегация в кластеры больше похожа на правду.
Видимо стоит попробовать, сделать съемку в другой системе так, чтобы уменьшить гидрофильные/гидрофобные взаимодействия. Какие могут быть варианты? DMSO, MeOH, EtOH? Наверное лучше всего систему MeOH-Water(70-30)% но как потом сделать расчеты для такого раствора?