MOPAC & GAMESS, химическое моделировани Опции

[zveroboy82]

Собственно вопрос, кто сталкивался с задачей расчета площади поверхности молекулы?
Как я понимаю в пакете ChemBioOffice есть пакеты для мат. моделирования GAMESS и MOPAC. В них и можно получать расчетные характеристики молекул. Вот только понятных мануалов как то к ним немного. А параметров, при расчетах, надо очень много задавать.
Может кто моделировал? Подскажите где можно найти описание.

[Katauri]

Собственно вопрос, кто сталкивался с задачей расчета площади поверхности молекулы?
Как я понимаю в пакете ChemBioOffice есть пакеты для мат. моделирования GAMESS и MOPAC. В них и можно получать расчетные характеристики молекул. Вот только понятных мануалов как то к ним немного. А параметров, при расчетах, надо очень много задавать.
Может кто моделировал? Подскажите где можно найти описание.

MOPAC`ом я одно время пользовался. На официальном сайте к нему есть хороший мануал, точнее довольно сносно описаны ключевые слова. Да и самого J.J.P. Stewart`а можно поспрашивать, на мыло он оперативно отвечает с учетом того, что он обитает в Нью-Йорке вроде. Параметры там лучше использовать стандартные, иначе можно мозг сломать.
Но с самой задачей расчета поиска площади поверхности молекулы не сталкивался, не зачем было, так что не знаю, можно ли что-нибудь сделать тамошними средствами. А для чего нужна такая плохо определенная вещь, как площадь поверхности молекулы?

[zveroboy82]

MOPAC`ом я одно время пользовался. На официальном сайте к нему есть хороший мануал, точнее довольно сносно описаны ключевые слова. Да и самого J.J.P. Stewart`а можно поспрашивать, на мыло он оперативно отвечает с учетом того, что он обитает в Нью-Йорке вроде. Параметры там лучше использовать стандартные, иначе можно мозг сломать.
Но с самой задачей расчета поиска площади поверхности молекулы не сталкивался, не зачем было, так что не знаю, можно ли что-нибудь сделать тамошними средствами. А для чего нужна такая плохо определенная вещь, как площадь поверхности молекулы?

Собственно проблема заключается в том, что результаты сильно завися от изменения параметров расчета, а так как я хочу моделирование провести с условиями близкими к реальным, то и вопрос сразу назревает, как их собственно настраивать.
а задачка заключается в следующем. Мне нужно доказать, что методом малоуглового рентгеновского рассеяния я получил спектры соответствующие рассеянию от частиц с гидродинамическим радиусом Rg 1,22 нанометра имеющие форму бублика(тора). На самом деле известно, что это такие циклические молекулы, состоящие из одинаковых органических цыпочек, в воде принимают устойчивую конформацию в виде тора. Восстановить по спектру форму такой частицы, мне не удается, из-за специфики такой формы(тор и диск одинаковые по размерам будут одинаковы и для рентгеновского рассеяния) и из-за того что светимость таких молекул очень низкая.
Так вот мне кажется, что другого выхода не остается, как моделированием получить какой нибудь параметр, с помощью которого можно доказать, что на спектре присутствуют характерные участки, которые можно рассматривать как рассеяние от тора с таким то Rg. Пока на ум приходит только площадь поверхности молекулы в определенном растворителе. К сожалению, ни MOPAC ни GAMESS не выдают на выходе параметр Rg. Ну или я не знаю как заставить их выдавать мне такой параметр.