Научный Open Source Опции

[Гость_Nils_*]

Тут будем рассказывать об Научном Open Source.


Scientific Linux

Пара скриншотов

SL - это релиз Linux, который создан совместными усилиями Fermilab и CERN при поддержке различных лабораторий и университетов со всего мира. Его исходной целью было стремление уменьшить дублирование усилий лабораторий и иметь общую инсталляционную базу для различных экспериментов.

Scientific Linux - официальный сайт (SL)


Полезные ссылки
Обзор свободных программ для численных расчётов

[Гость_Nils_*]

FreeFem

Решение дифференциальных уравнений в частных производных
думаю, это не одно и тоже с freefem++ хотя сомневаюсь, возможно это несколько упрощенная версия, но и установить ее проще

Установка в Ubuntu 7.10

Код

sudo apt-get install freefem

FreeFEM User Manual
 freefem.pdf ( 260.64 килобайт ) Кол-во скачиваний: 8023


после установки автоматом установилась еще 3-x мерная версия

FreeFEM3D Documentation
 freefem3dDoc.pdf.gz ( 573.07 килобайт ) Кол-во скачиваний: 2252


Сообщение отредактировал Nils - 20.04.2008, 16:10

[Гость_Nils_*]

LabPlot

Версия 1.6 Сайт http://labplot.sourceforge.net

Версия 1.5.1 доступна в Ubuntu в разделе "установка/удаление программ" или с помощью команды

Код

sudo apt-get install labplot

Пара скриншотов


Статья на тему

Это приложение зацепило наш взгляд благодаря красивым экранным снимкам: множество технических графиков, цветные кривые Безье и заумные функции. Список опций самой программы тоже впечатляет. Возьмите хоть поддержку «преобразований Фурье, Лапласа и Ханкеля» или «сжатие, периодический и сезонный анализ». На деле, после компиляции и установки приложения (математические функции компилируются долго), всё оказывается не так уж страшно. Даже простым смертным вроде нас Labplot может пригодиться: ведь графики можно создать из самых разных источников данных. Это не обязательно должны быть результаты последних наблюдений состояния полярных ледяных шапок или измерений ларморовской прецессии ядерного g-фактора изотопа бария-135137 в мощном атомном пучке – данные можно взять из простого аудиофайла или фотоколлекции, даже из цифрового рельефного отображения карты. Labplot поддерживает множество форматов файлов (одних только графических свыше 80!).

Импортированные данные помещаются во встроенную электронную таблицу, и именно из этого массива цифр приложение «мастерит» всевозможные графики. Пользователю остаётся только щёлкнуть правой кнопкой мыши на таблице и выбрать один из вариантов построения графика.


Сверхфункциональность. Возможно построение двух- и трёхмерных графиков функций, 2D-поверхностей (полезно для карт высот), работа с осями координат, вывод с ускорением OpenGL и решение уравнений. Построив график, можно даже нанести на него надписи и линии с помощью встроенной чертёжной функции. Это, конечно, не Inkscape, но смотрится вполне достойно. Программа позволяет визуализировать любую таблицу с цифровыми данными. Закончив работу, можно оформить итоговый результат как EPS, PostScript, SVG или PDF-документ, что покрывает почти любые потребности. Единственная замеченная проблема – легкая нестабильность, к тому же это скорее Qt-, чем истинное KDE-приложение. Но пусть эти мелочи не омрачат вам удовольствия от прокладывания трассы между домом и офисом.

LXF 2008 N3 (103)


Еще пара скриншотов


Документация к программе

Сообщение отредактировал Nils - 22.04.2008, 4:50

[Гость_Nils_*]

Gerris Flow Solver

(IMG:http://gfs.sourceforge.net/wiki/images/4/40/Gerris_logo.png)


Моделирование течений жидкостей и газов с сопряженной задачей теплообмена
Официальная страница проекта

Gerris_tutorial
 Gerris_tutorial.pdf ( 481.96 килобайт ) Кол-во скачиваний: 3417


Gerris запускается в терминале разными командами для 2D и 3D версий. GfsView можно запустить из меню

Скриншот GfsView


Установка в Ubuntu 7.10

1. Запустить меню Система / Администрирование / Источники приложений
2. На вкладке ПО Сторонних производителей нажать кнопу "Добавить"
3. В возникшем меню добавить следующие строчки APT

Код

deb http://gts.sourceforge.net/debian/ ./
deb http://gfs.sourceforge.net/debian/ ./

4. Перед выходом из меню Источники приложений нажать кнопку "Обновить" или ввести команду в терминале

Код

sudo apt-get update

5. Ввести команду установки приложений

Код

sudo apt-get install gerris-snapshot gfsview-snapshot

Программы установлены, но для успешно работы понадобится скрипт ppm2mpeg (насколько я понял) для трансляции картинок в анимации. Данный скрипт должен быть помещен в стандартную директорию скриптов пользователя, где программа его сможет найти. До скрипта пока руки не дошли, как найду подходящий выложу.

Примеры некоторых расчетов

1. Пример расчета вихрей при течении вокруг цилиндра

(IMG:http://gfs.sourceforge.net/examples/examples/examples002.png)
(IMG:http://gfs.sourceforge.net/examples/examples/examples001.png)

Анимация данного течения


2. Пример расчета обтекания корабля поперечным течением

(IMG:http://gfs.sourceforge.net/examples/examples/examples013.png)

Анимация данного течения


3. Пример расчета течения от нагретого цилиндра в классических приближениях Буссинеска

(IMG:http://gfs.sourceforge.net/examples/examples/examples011.png)

Анимация данного течения

Сообщение отредактировал Nils - 24.04.2008, 12:57

[Гость_Nils_*]

Inkscape

Думаю, хорошая программа для создания постеров на конференции



Официальная страница проекта _http://www.inkscape.org/

Интерфейс: русский

Установка
Версия 0.45-1 доступна в Ubuntu в разделе "установка/удаление программ" или с помощью команды

Код

sudo apt-get install inkscape

Inkscape — открытый редактор векторной графики, функционально схожий с Illustrator, Freehand, CorelDraw или Xara X и использующий стандарт W3C под названием Scalable Vector Graphics (SVG). В программе поддерживаются такие возможности SVG как фигуры, контуры, текст, маркеры, клоны, альфа-канал, трансформации, градиенты, текстуры и группировка. Inkscape также поддерживает метаданные Creative Commons, правку узлов, слои, сложные операции с контурами, векторизацию растровой графики, текст по контуру, завёрстанный в фигуру текст, редактирование XML-данных напрямую и многое другое. Он импортирует файлы в таких форматах как JPEG, PNG, TIFF и другие, и экспортирует файлы в формате PNG, равно как и в некоторых векторных форматах.

Основной целью проекта Inkscape является создание мощного и удобного инструмента для рисования, полностью совместимого с со стандартами XML, SVG и CSS. Мы также успешно развиваем сообщества пользователей и разработчиков.

Начиная с Ubuntu 8.04 Inkscape поставляется по умолчанию и доступна версия 0.46

Векторный редактор Inkscape 0.46 представляет встроенную поддержку формата PDF, предоставляя простое, свободное решение для редактирования текста и графики в PDF документах. Пользователи оценят возможности создания флаеров, постеров и других документов, сохранения их в PDF напрямую из Inkscape и отправки результатов в типографию для вывода на бумагу. И все это теперь возможно прямо в Ubuntu без необходимости использования проприетарных приложений.

В Inkscape можно создавать фотореалистичные изображения (ВНИМАНИЕ это не фото)



Статья на тему

Сообщение отредактировал Nils - 24.04.2008, 12:58

[Гость_Nils_*]

Что-то описание прог уже многие скачали, отзывы о них будут? Предложения? Или рекомендация другого Научного Open Source, не стесняемся!!!

[Гость_Nils_*]

TrueCrypt

Если у вас паранойя, то это не значит что за вами никто не следит! Думаю будет полезным данная программа



Тип Криптография
Разработчик TrueCrypt Foundation
ОС Microsoft Windows NT 5+, GNU/Linux, Mac OS X / В том числе и пакеты Ubuntu
Текущая версия 5.1a — 17 марта 2008
Лицензия TrueCrypt Collective License
Сайт www.truecrypt.org

Документация TrueCrypt User Guide
 TrueCrypt_User_Guide.pdf ( 773.09 килобайт ) Кол-во скачиваний: 6577


TrueCrypt — это свободная программа для шифрования «на лету» (описание в англоязычной Вики) для 32 и 64-разрядных операционных систем семейств Microsoft Windows NT 5 и новее (GUI) и GNU/Linux. Оно позволяет создавать виртуальный зашифрованный логический диск, хранящийся в виде файла. TrueCrypt также может зашифровать полностью раздел жёсткого диска или иного носителя информации, такой как флоппи-диск или USB флеш-память. Всё сохранённое в томе TrueCrypt полностью шифруется, включая имена файлов и каталогов. Примонтированный том TrueCrypt подобен обычному логическому диску, поэтому с ним можно работать с помощью обычных утилит проверки и дефрагментации файловой системы.

Возможности TrueCrypt

Создание зашифрованного виртуального диска:

1. в файловом контейнере, что позволяет легко работать с ним — переносить, копировать (в том числе на внешние устройства в виде файла), переименовывать или удалять;
2. в виде зашифрованного раздела диска, что делает работу более производительной и удобной, в версии 5.0 добавилась возможность шифровать системный раздел;
3. полностью шифровать содержимое устройства, такого как флоппи-диск или USB флеш-память.

В список поддерживаемых TrueCrypt 5.1 алгоритмов шифрования входят: AES, Serpent и Twofish. Предыдущие версии программы (последняя стабильная версия 5.1) поддерживали также алгоритмы с размером блока 64 бита Тройной DES,Blowfish, CAST5. Также возможно использование каскадного шифрования различными шифрами, к примеру: AES+Twofish+Serpent.

Все алгоритмы шифрования используют XTS-режим, который более безопасен, нежели CBC и LRW-режимы для шифрования на-лету, применяющиеся в предыдущих версиях (работа с уже созданными шифроконтейнерами в этих форматах также возможна)

Программа позволяет выбрать одну из трёх хеш-функций: HMAC-RIPEMD-160, HMAC-Whirlpool, HMAC-SHA-1 для генерации ключей шифрования, соли, и ключа заголовка.

Для доступа к зашифрованным данным позволяет задавать использования пароля (ключевой фразы), ключевые файлы (один или несколько) или все вместе. В качестве ключевых файлов можно использовать любые доступные файлы на локальных, сетевых, съемных дисках (при этом используются первые 1024 бит) и генерировать свои собственные ключевые файлы.

Одной из примечательных возможностей TrueCrypt является то, что он обеспечивает два уровня правдоподобной отказоспособности, полезной в случаях вынужденного открытия пароля пользователем:

1. Создание скрытого тома, что позволяет задать второй пароль (и набор ключевых файлов) к обычному тому для доступа к данным, к которым невозможно получить доступ с основным паролем, при этом скрытый том может иметь любую файловую систему и располагается в неиспользованном пространстве основного тома с файловой системой FAT.
2. Ни один том TrueCrypt не может быть идентифицирован (тома TrueCrypt невозможно отличить от набора случайных данных, то есть файл нельзя связать с TrueCrypt, как с программой его создавшей, ни в какой форме и рамках).

Другие возможности TrueCrypt:

* Переносимость, что позволяет запускать TrueCrypt без установки в операционной системе (необходимы права группы администраторы в NT).
* Поддержка создания зашифрованного динамического файла на NTFS дисках. Такие тома TrueCrypt растут по мере накопления новых данных вплоть до указанного максимального размера. Однако, использование подобной возможности несколько уменьшает производительность и безопасность системы.
* Шифрование системного физического либо логического диска для Microsoft Windows-систем с предзагрузочной аутентификацией.
* Изменение паролей и ключевых файлов для тома без потери зашифрованных данных.
* Возможность резервного сохранения и восстановления заголовков томов (1024 байт).
o Это может быть использовано для восстановления заголовка повреждённого файла, позволяя подсоединить том после ошибки на аппаратном уровне, в результате которого повредился заголовок.
o Восстановление старого заголовка также сбрасывает пароли тома на те, что действительны для прежнего заголовка.
* Возможность назначать комбинации клавиш для монтирования/размонтирования разделов (в том числе и быстрого размонтирования со стиранием ключа в памяти, закрытием окна и очисткой истории), отображения и сокрытия окна (и значка) TrueCrypt.
* Возможность использовать TrueCrypt на компьютере с правами обычного пользователя (в том числе создавать и работать с контейнерами в файлах), правда первоначальную установку программы должен сделать администратор.

[metelev_sv]

CCP14
"The Collaborative Computational Projects (CCPs), assist universities in developing, maintaining, promoting and distributing computer programs and computational methods."

Сайт: http://www.ccp14.ac.uk

Я не специалист по диффракции, просто прослушал обзор и хочу поделиться. Поэтому комментарии мои будут коротки и поправки можно вносить смело.

Аннотация сайта (в моём переводе):
CCP14 (совместный вычислительный проект номер 14) в области диффракции на порошках и низкомолекулярных монокристаллах был инициирован в 1994 году для сбора лучших и наиболее широко используемых программ. Программное обеспечение расположенное на сайте CCP14 может бесплатно использоваться в научных целях.

В нескольких обзорах программного обеспечения, сделанных между 1991 и 1993 годами подчёркивалась необходимость создания набора программ для выполнения стандартных задач рентгеновской порошковой диффракции. Доктор J. I. Langford из Университета Бирмингема вместе с доктором R. J. Cernik и доктором P. J. Durham из лаборатории в Дерзбери подали пропоузал (заявку на финансирование) в S.E.R.C., с целью создания совместного вычислительного проекта. Заявка была одобрена в июне 1993 года. Система CCP служит для развития сотрудничества между различными университетами в вычислительных и теоретических исследованиях во всём разнообразии областей знания связанных с физикой, химией, биохимией и кристаллографией. Каждым из CCP проектов руководит управляющий комитет, который в свою очередь подчиняется совету экспертов (это я так понял слова Steering Panel). Цели проекта CCP14, который охватывает области порошковой и монокристалльной диффракции были определены следующим образом:

• Разработка набора совместимых друг с другом программ с дружественным интерфейсам для сообщества людей работающих в области порошковой и монокристалльной диффракции
• организации встреч (обсуждений, наверное)
• создания рабочих групп, определения приоритетных направлений, распостранения информации и предоставления отчётов совету экспертов.

На сайте есть ссылки на множество программ, особое внимание стоит обратить на программы:

• powder cell --- программа для генерации диффракционной кривой, для этого требуется задать структуру соединения, просто по атомам, какой где.
• fit2d --- при наличии двумерной картинки с диффракционными кольцами позволяет уточнить какие-то из параметров 1) расстояние образец-детектор 2) длина волны излучения 3) центрировку, наверное что-то ещё забыл. И позволяет построить линейную картину.
• Fullprof и графический интерфейс к ней winplotr. --- по диффракционной картине позволяет восстановить или уточнить структуру, использует идеологию предложенную Ритвельдом.

Это набор, который принято использовать в Европе для анализа порошковых диффракционных данных. Как правило, можно работать не только с рентгеновскими, но и с нейтронными данными. Остальные программы из списка либо используются другими научными сообществами либо разработаны для монокристаллов либо ещё зачем-нибудь, о чём я не знаю.

А ещё, на всякий случай скажу, на гигапедии лежат международные кристаллографические таблицы, 8 или 9 томов---наверное все, которые есть.

[Гость_Nils_*]

Некоторые посты унес сюда Перевод Терминов

[Гость_Nils_*]

Хорошо, вы правы.
Я признаю, что разместил свой пост не в той теме.
Размещу его в теме - механика жидкости и газа. Согласны?
Задно предлагаю вам ответить на поставленные там вопросы.

Нет, не согласен к той теме он отношения тоже не имеет. Вас интересует коммерческая сторона вопроса, а не физика процесса. Реклама на сайте запрещена, кроме случаев оговоренных правилами.

Сообщение отредактировал Nils - 5.06.2008, 17:44

[arte-semaki]

Внимание! Открывается новая тема "Перспективы коммерческого распространения узкспециализированных программ по научной тематике"

Сообщение отредактировал arte-semaki - 5.06.2008, 18:10

[Гость_Nils_*]

Только что получил сообщение от Nills. Думаю открытие темы "перспективы коммерческого распространения узкоспециализированных программ" было бы интересно. Я его открою в теме "Прикладные вычисления"?
Возражений нет?
Извините, что приходится писать в форуме, но послать личное сообщение у меня не получилось

У меня нет, пологаю посты будут в рамках оговоренных правилами! (IMG:style_emoticons/default/wink.gif)

Сообщение отредактировал Nils - 5.06.2008, 18:09

[Alex_L]

OpenFOAM (Open Field Operation and Manipulation)
Открытое ПО для моделирования сложных течений, сопряженных с химическими реакциями и теплопередачей.
Построена по принципу модульности, то есть включает в себя отдельные модули решателей, утилиты, использующиеся
для предварительной и пост- обработки данных, визуализации , а также библиотеки.
Численное решение дифферециальных уравнений основано на методе конечных объемов.
сайт OpenFOAM

На текущий момент доступна версия 1.4.1. Есть версия как для 32-bit, так и для 64-bit систем.
Распространяется в виде исходных файлов, так в виде бинарных под Linux\UNIX оси. Для работы
графического интерфейса нужна Java.

Сам пока что знакомлюсь с ней. Порадовало наличие довольно подробной документации и примеров.

Сообщение отредактировал Alex_L - 1.07.2008, 20:49

[arte-semaki]

to Alex_L
Мы имеете ввиду метод конечных элементов или метод контрольных объёмов, разработанный Патанкарой

[Alex_L]

to Alex_L
Мы имеете ввиду метод конечных элементов или метод контрольных объёмов, разработанный Патанкарой

OpenFOAM uses finite volume numerics to solve systems of partial differential equations ascribed on any 3D unstructured mesh of polyhedral cells.

Я перевел "finite volume numerics" как метод конечных объемов.

[Гость_Nils_*]

CAELinux

Инженерный Linux
Текущая версия CAELinux 2008
Сайт www.caelinux.com

Скачать можно с официального сайта


Просто вставьте LiveDVD в свой компьютер и превратите его в профессиональную CAE - рабочую станцию: установка на жесткий не обязательна!




Дистрибутив создан на базе PCLinux и включает предустановленными большое количество математических и инженерных пакетов, специализированных библиотек для языков программирования и т.д. Также включены драйверы для 3D, кодеки для видео и т.п. Все работает уже при загрузке с LiveDVD, предусмотрена установка на жестки диск.

Некоторые возможности предыдущей версии CAELinux 2007

The features / programs included in CAELinux 2007 distribution are the following:

* LiveDVD distribution based on PClinuxOS 2007 (updated) with Kernel 2.6.22.17
* Runs directly from the DVD without any installation
* Optional installation to hard disk in 3 easy steps
* Dedicated to CAE and more specifically to finite element simulation
* Includes the integrated 3D pre-/ post / FE solver package SALOME_MECA 2008 (GPL, developped by EDF, France) which represents the fusion of Salome v3.2.9 GUI and Code-Aster v9.2 finite element solver (updated, GPL)
* Offers a complete solution for CFD with OpenFOAM 1.4.1 , Gerris , Code-Saturne and Openflower solvers
* Contains several 2D & 3D CAD/pre/post packages: Paraview, Visit, OpenDX, Netgen, Tetgen, GMSH v2 (updated), Salome v.3.2.9 & QCad
* Includes other simulation softwares for multiphysics simulation: Elmer v5.3 (updated), Calculix v1.7, Tochnog, Impact (updated), MBDyn (updated)
* Offers several scientific tools like GNU Octave (+ Koctave GUI & Forge), R & Rkward, Scilab, wxMaxima and a full set of developpement tools / compilers.
* Integrated tools to install 3D accelerated drivers, to setup Wifi & Internet connections and even to remaster your own copy of the DVD or install the OS to an USB Flash drive.

Еще несколько снимков экрана

[DVA]

Вообще было бы очень полезно подключение к проектам подобным CAELinux и проектам составляющим основу его репозитария (OpenFOAM, Code_Saturne, Elmer... и др.) отечественных специалистов...

в CAELinux входит конечно-элементный код Impact для задач динамики деформируемого тела, соавтор там по-моему из "нашей братьи", кстати язык help'a можно переключить на русский (IMG:style_emoticons/default/smile.gif) так что уже начало положено.

Немного времени есть, вот привожу небольшой обзорчик ПО входящего в состав CAELinux 2008:

1. Dolfyn - один из cfd пакетов, подробнее -> описание

2. Elmer - "финский" решатель (вроде есть и пре- постпроцессор) решает задачи теплопроводности, МДТТ, механики жидкости, электромагнетизм, акустика, квантовая механика, смешанные задачи, подробнее ->описание

3. Dynela - решатель задач прочности и термомеханики, поддерживает большие деформации, больше ничего не знаю - все на французском, подробнее -> описание

4. Calculix - состоит из пре- постпроцессора сgx и решателя ccx, разработан людьми, принимавшим участие в разработке мощного промышленного коммерческого КЭ пакета Abaqus, решаемые задачи:
static
o linear
o nonlinear
+ geometric nonlinearities
+ material nonlinearities
* frequency (linear)
* dynamic
o linear
+ transient modal dynamics
+ steady state dynamics
# harmonic periodic loading
# non-harmonic periodic loading
o nonlinear
+ implicit
+ explicit
* buckling
* heat transfer
o steady state
o transient
* coupled thermomechanical analysis
o steady state
o transient
* steady-state networks
o aerodynamic networks
o hydraulic pipe systems
* Laplace and Helmholtz problems by analogy
o Electrostatics
o Seepage flow
o Inviscid incompressible irrotional flow
o Lubrication
o Linear acoustics
o Shallow water waves
o Diffusion mass transfer in a stationary medium

описание

5. Gerris - cfd пакет описание

6. Getdp - описание

7. Impact - решает задачи динамики деформируемого тела описание

8. Mbdyn - решалка прочностных вопросов описание

9. OpenFlower - cfd пакет описание

10. OpenFOAM - мощный cfd пакет описание

11. Code_Aster - очень мощный решатель типа calculix, разработчик - французская энергетическая компания EDF (поддерживает кучу моделей материалов, элементов, а также вычисления на кластерах) описание

12. Code_Saturne - мощный cfd продукт той же EDF

13. Tochnog - решатель задач термомеханики, МДТТ и пр. описание

14. Salome - относительно мощная cad система (создает геометрию для последующего анализа) построенная на библиотеках opencascade описание

15. мат. пакеты octave, scilab, maxima, и т.п.

16. мешеры (генераторы сеток для КЭ анализа) gmsh, discretizer, admesh, netgen, tetgen

17. визуализаторы easyanim, opendx, paraview, visit

18. кроме того всякий разный софт начиная от драйверов и офисного, заканчивая сетевым и мультимедия

вобщем куча всего полезного и довольно качественного всем рекомендую (IMG:style_emoticons/default/smile.gif)

[Гость_Nils_*]

Scilab 5.0.1 - пакет научного ПО для численных вычислений

(IMG:http://www.scilab.org/download/images/download_icon.png)

Официальный сайт www.scilab.org
Текущая версия 5.0.1 (Новая версия!!!)
ОС GNU/Linux и Microsoft Windows

список основных изменений в сравнении с версией 4


Scilab — пакет научных программ для численных вычислений, предоставляющий мощное открытое окружение для инженерных и научных расчётов.

Вышла новая версия Scilab 5.0.1 пакета научных программ для численных вычислений.

Важнейшее нововведение — новая лицензия CeCILL, которая полностью совместима c GPLv2. Тем самым Scilab теперь является на 100% свободным ПО.

В новой версии пользовательский интерфейс реализован с помощью Java Swing, благодаря чему программа выглядит одинаково во всех поддерживаемых ОС. Точность вычислений для 32-битной версии Linux была увеличена в два раза (53 бита).

Возможности

Scilab содержит сотни математических функций с возможностью добавления новых, написанных на различных языках (C, C++, Fortran …). Так же имеются разнообразные структуры данных (списки, полиномы, рациональные функции, линейные системы), интерпретатор и язык высокого уровня.

Scilab был спроектирован так, чтобы быть открытой системой, где пользователи могут добавлять свои типы данных и операции над этими данными путем перегрузки.

В системе доступно множество инструментов:

* 2D и 3D графики, анимация
* Линейная алгебра, разреженные матрицы (sparse matrices)
* Полиномиальные и рациональные функции
* Интерполяция, аппроксимация
* Симуляция: решение ОДУ и ДУ
* Scicos: гибрид системы моделирования динамических систем и симуляции
* Дифференциальные и не дифференциальные оптимизации
* Обработка сигналов
* Параллельная работа
* Статистика
* Работа с КА
* Интерфейс к Fortran, Tcl/Tk, C, C++, Java, LabVIEW

Scilab имеет схожий с MATLAB язык программирования, в составе имеется утилита, позволяющая конвертировать документы Matlab → Scilab.


Scilab позволяет работать с элементарными и большим числом специальных функций (Бесселя, Неймана, интегральные функции), имеет мощные средства работы с матрицами, полиномами (в том числе и символьно), производить численные вычисления (например численное интегрирование) и решение задач линейной алгебры, оптимизации и симуляции, мощные статистические функции, а также стредство для построения и работы с графиками.

Для численных расчетов используются библиотеки Lapack, LINPACK, ODEPACK , Atlas и другие.[3]

В состав пакета также входит Scicos — инструмент для редактирования блочных диаграмм и симуляции (аналог simulink в пакете MATLAB). Имеется возможность совместной работы Scilab с программой LabVIEW.

Сообщение отредактировал Nils - 20.09.2008, 15:04

[Гость_Nils_*]

Вышел Python 2.6

Вышел релиз 2.6 языка программирования Python. В основном релиз предназначен для облегчения миграции на Python 3.0, и, кроме новых фич, содержит код для поддержки старого синтаксиса и совместимости с предыдущими версиями.

Кроме традиционных улучшений и исправлений ошибок, в стандартную библиотеку включены несколько новых модулей. В частности multiprocessing и json.

[Jaroslav]

Free Pascal

Free Pascal Compiler (FPC) — свободный компилятор языка программирования Pascal.

Компилятор предназначен для различных аппаратных платформ, в частности i386, x86-64 (только Linux и Windows), PPC, PPC64 (только Linux), SPARC (только Linux), ARM. Важной особенностью данного компилятора, в отличие, например, от GNU Pascal, является ориентация на распространённые коммерческие диалекты языка: Object Pascal и Delphi.

Текущая версия 2.2.2.

[metelev_sv]

Искал какую-нибудь книжку по ROOT, отличающуюся от его собственного описания, наткнулся на книгу "Introductory Computational Physics" авторов Andi Klein и Alexander Godunov из Los Alamos National Laboratory и Old Dominion University, издательство Cambridge University Press, 2006 года, 149 страниц.

Книга содержит сверхкраткое описание архитектуры аппаратной части PC и общие представления о Линуксе и несколько самых необходимых команд, перечислены основные численные методы дифференцирования, интегрирования, интерполяции, решения нелинейных уравнений и всё остальное, что обычно в численных методах бывает, подробные настолько, чтобы понять откуда что берётся и чего можно от них ожидать. Содержит общие рекомендации, по поводу того что лучше делать и чего лучше не делать и практически-ориентированные подробности. Например, в одном месте говорится, что лучше не считать всё выражение целиком, а сначала положительные члены сложить, потом отрицательные, и потом вычесть друг из друга, чтобы уменьшить ошибку. Общие рекомендации вроде того, что сначала лучше подумать, нельзя ли обойтись вообще без программы, потом поискать по библиотеками и потом уже, если не нашёл, начинать делать своё.

Самое главное, сказано где брать эти библиотеки. По-моему у нас нет ещё этой ссылки.
http://www.netlib.org/
Особенно упоминаются библиотеки LAPACK и SLATEC.

Про сами библиотеки ничего не сказано, даже вкратце не продублировано ни описание root ни описание библиотек. Зато сказано, как с программой на C++ слинковать процедуру на фортране. На нескольких примерах программ и рут-сессий в стиле кукбук показано как с ним взаимодействовать.

В общем, я бы сказал книжка-справочник. Общее отношение аккуратное и мне понравилось (IMG:style_emoticons/default/smile.gif) Авторы, кстати, сторонники фортрана и С++ рекомендуют только скрепя сердце. Фортран главным образом из-за большого количества уже наработанных программ.

Выдержки из faq с сайта http://www.netlib.org :
2.1) What is Netlib?
The Netlib repository contains freely available software, documents, and databases of interest to the numerical, scientific computing, and other communities. The repository is maintained by AT&T Bell Laboratories, the University of Tennessee and Oak Ridge National Laboratory, and by colleagues world-wide. The collection is replicated at several sites around the world, automatically synchronized, to provide reliable and network efficient service to the global community.

2.2) How do I retrieve software or documents from Netlib?
Mechanisms include the World Wide Web (WWW), email, ftp, gopher, xnetlib:

• World Wide Web (WWW) http://www.netlib.org/
• email Send the message: send index
  to netlib@netlib.org
  to receive a contents summary and instructions.
• ftp Anonymous ftp to: ftp.netlib.org
• gopher Point your gopher browser to gopher.netlib.org
• xnetlib See Question 2.7

2.10) How do I find software to solve a particular problem?
One way is to identify appropriate keywords and then use the Web search interface at

http://www.netlib.org/utk/misc/netlib_query.html

or the "find" feature of the Netlib email interface and send the email message to netlib@netlib.org or another Netlib site.

The GAMS mathematical software classification system enables users to find suitable software by browsing the problem hierarchy. You can use GAMS from the search interface or by linking to

http://www.netlib.org/bib/gams.html

or

http://gams.nist.gov/

Send the message "send gams from bib" to netlib@netlib.org to retrieve the GAMS classification by email.

Another way is to browse the Netlib libraries list and to identify libraries appropriate to your problem. You can then browse the contents of these individual libraries. Using a Web interface, look at

http://www.netlib.org/liblist.html

Using an email interface, send the message "send index" to netlib@netlib.org or another Netlib site to receive a descriptive list of the libraries in Netlib. Send the message "send index for foo" to receive the index for library foo.

Здесь сама книжка:

Для просмотра этого блока Вам необходимо создать не менее 10 сообщений

Взял её с гигапедии. Там она существует в двух вариантах, один pdf размером 4.7 мегабайт (три ссылки на одинаковые файлы, один из них заархивирован раром). Другая вот эта, тоже pdf, размером чуть меньше 3 мегабайт. Различий не обнаружил, правда каждый символ естественно не сравнивал. Обложка вроде ужата

Прикрепленные файлы

 klein2006.pdf ( 2.84 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 18405

 

[Nils]

Новые версии

Вышли:
Python 3.1 подробности тут
Scilab 5.1.1 тут
Octave 3.2.0 тут

[Nils]

Вышел CAElinux 2009 теперь на базе Ubuntu! (IMG:style_emoticons/default/total_sc.gif)
подробнее на официальном сайте

Сообщение отредактировал Nils - 25.07.2009, 15:58

[Nils]

Организуем распределенные вычисления с помощью RPyC

RPyC - это библиотека для интеграции процессов Python на многих машинах/процессах. В этой статье рассматриваются преимущества и недостатки RPyC по сравнению с другими распределенными инфраструктурами Python, такими как XML-RPC и Pyro. Также, чтобы показать эту библиотеку в работе, приводятся несколько простых примеров использования RPyC.

полностью на сайте IBM

Обновления в Gerris

Gerris release notes/12-05-09
Major improvements include:

* Moving solid boundaries: this is an initial release, more will follow.
* New axisymmetric version.
* New non-linear shallow-water solver.
* The reference dimension of the GfsBox can be set.
* "2D3" ocean model has been replaced with a generalised 3D ocean code.
* New Map module for cartographic projections.
* New Terrain module for large height-field databases.
* New Tide module for FES2004 tidal atlas database.
* Major improvements to the VOF and surface tension code (as described in the JCP paper above).
* New Cook Strait tides example.
* New ship wave example.
* New object GfsOutputDropletSums for VOF droplets statistics.
* Vim dictionary and utilities.
* Overall improvements to code portability (including Mac OSX).
* Improvements to the Poisson and Crank-Nicholson diffusion coupling.
* Both GfsRefineSolid and GfsRefineSurface now work with implicit surfaces.
* Examples and tests are automatically cross-linked with the syntax reference.
* Numerous bug fixes.

Gerris release notes/09-07-21
From Gerris
Jump to: navigation, search

The main change for this release is dynamic load-balancing for parallel simulations. See Gerris in parallel and the new parallel Von Karmann vortex street example. Gerris has also been recently benchmarked on up to 2048 processors on several supercomputers. For the problem considered (a 128^3 lid-driven cavity), Gerris scaled linearly up to 512 processors.

There is also a new moving cylinder test case.

There are several important improvements and bug fixes for parallel simulations including:

* Overlapping communications and computations
* Important bug fix for graph partitioning
* gfs_domain_locate() uses a Cartesian array for fast indexing

The previous systematic traversal of all the GfsBoxes was very slow (when the number of boxes was large e.g. due to "splitting"). This was particularly noticeable for the VOF algorithm (which does many locate() calls to reconstruct local Cartesian stencils).

* New option '--event' for gerris2D/3D
* Entirely solid boxes can be used

They will be automatically removed from the simulation rather than making the simulation abort with an error message.

* GfsInitFraction should now work also for parallel simulations

It used to fail for domains containing disconnected GfsBoxes (which can happen for some domain decompositions in parallel).

* GfsOutputDropletSums and GfsRemoveDroplets should now work in parallel
* Major bug fix for GfsBoundaryPeriodic

Amazingly the implementation of the match() method seems to have been wrong right from the initial implementation (then part of BoundaryMpi). Yet, despite being completely inconsistent, this implementation managed to "work" undetected for several years... The bug also affected parallel simulations through inheritance to BoundaryMpi.

* GfsOutputSimulation can write "joined" parallel simulation files
* New gfsjoin2D, gfsjoin3D tools

These are replacing the gfsjoin script. Note however that they can only be used to join parallel files created using this and later versions of Gerris. Older parallel simulation files should still use the gfsjoin script.

сайт проекта gerris

Сообщение отредактировал Nils - 26.07.2009, 16:58

[Nils]

Библиотека компьютерных программ
Computer Physics Communications Program Library —
CPC Program Library доступна для подписчиков журнала «Computer Physics Communications»

Теперь подписчики бумажной и/или электронной версии журнала «Computer Physics Communications» (входит в предметные коллекции «Physics and Astronomy», «Computer Science» и Freedom Collection на ScienceDirect издательства «Эльзевир»(Elsevier)) имеют право бесплатного пользования библиотекой компьютерных программ Computer Physics Communications Program Library — CPC Program Library.

CPC Program Library была создана в 1969 году и на сегодня содержит более 2000 компьютерных программ по вычислительной физике и химии.

Вход для доступа в Библиотеку: http://cpc.cs.qub.ac.uk/cpc/. Далее возможен выход на:

* авторский указатель — «Author Index»;
* каталог предметных областей — «Subject Index»;
* страницу поиска — «Search».

Файлы, содержащие компьютерные программы (в формате .gz) можно сохранять на свой компьютер или пересылать по электронной почте.

Статьи, описывающие данные программы, опубликованы в журнале Computer Physics Communications и доступны на ScienceDirect.

PS новость старая...

[Nils]

Использование TraitsUI в написании графического интерфейса научных программ

Читаем на английском Writing a graphical application for scientific programming using TraitsUI



Python(x,y)

Официальная страница проекта

Python(x,y) - это бесплатное научное и инженерное ПО для численных расчетов, анализа и визуализации данных на основе языка программирования Python, графического интерфейса Qt и интегрированного рабочего окружения Eclipse.

[Nils]

Blender

Страница проекта

Blender — пакет для создания трёхмерной компьютерной графики, включающий в себя средства моделирования, анимации, рендеринга, постобработки видео, а также создания интерактивных игр.

Описание в википедии

Мультфильм "Big Buck Bunny" создан целиком при помощи свободного пакета 3D графики Blender.

Книга "Blender Basics 3-е издание" на русском языке

Книга Blender Basics не просто еще одна из ряда документации по Blender. Джеймс Кронистер написал это учебное пособие основываясь на своем двухлетнем опыте преподавания 3D-моделирования и анимации студентам Central Dauphin Hight School. Книга представляет собой готовый курс по трехмерной компьютерной графике. Каждая глава расчитана на 2 академических часа и включает теоретическую часть, на базе которой выполняеться практическое задание, приведенное в конце каждой темы. Для преподавателей информатики и компьютерной графики это просто находка! Проставив справа от каждой главы в оглавлении книги "2 часа" они получают готовый тематический план курса.

Предлагаем всем поучаствовать в акции "Трехмерное моделирование для школьников и студентов":

* Распечатайте книжку на обычном лазерном принтере
* Сделайте цветную копию обложки
* Проброшурируйте все в любой компании, занимающейся типографией (стоит всего 60р)
* И отнесите красиво оформленный вариант книги вместе с BlenderCD преподавателю информатики или компьютерной графики в свой институт или школу.

On-Line версия Blender Basics

 BlenderBasics_rus.pdf ( 18.57 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 801

[Nils]

Русский перевод руководства OpenFOAM

Ребята с "www.os-cfd.ru" сделали перевод руководства. Большое им спасибо!
 OpenFoam.zip ( 1.96 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 1667

Подробнее тут

Материалы на тему:
Верификация пакета OpenFOAM Бычков И.М. (ЦАГИ)
 OpenFOAM_profile_verification_2008.pdf ( 676.35 килобайт ) Кол-во скачиваний: 5911

Возможности численного решения задач аэродинамики при использовании программ с открытым исходным кодом Бычков И.М.
 OpenSourceReview2007.pdf ( 75.45 килобайт ) Кол-во скачиваний: 4804

[Nils]

Вышел Scilab 5.2.0

Подробнее тут

[Nils]

UGENE 1.6.0

UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.

Основные возможности:
* Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
* Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
* Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
* Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
* Филогенетический анализ с помощью Phylip;
* Поиск сайтов рестрикции;
* Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
* Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
* Поиск открытых рамок считывания;
* Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

Сайт проекта

[serg666]

Зачастую трудно найти готовый софт для решения требуемой задачи. (IMG:style_emoticons/default/skonfuzen.gif)
Поэтому приходиться писать самому.
На мой взгляд QT наилучший OpenSource инструмент для этих целей.

Официальный сайт

Литература по QT на sci-lib

[Nils]

PETSс (the Portable, Extensible Toolkit for Scientific computation)

Официальный сайт проекта

Руководство пользователя по библиотеке PETSc:
 Perevod_PDF.pdf ( 1.94 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 2000

Перевел Г.И.Шпаковский. (IMG:style_emoticons/default/az.gif)
Белорусский государственный университет Факультет радиофизики и электроники.

Еще одна книга на русском и сайт о PETSc на английском

Пакет PETSc (the Portable, Extensible Toolkit for Scientific computation) содержит набор средств для параллельного (а также и последовательного) решения дифференциальных уравнений с частными производными (ДУЧП), которые требуют решения больших разреженных систем нелинейных уравнений. PETSc включает в себя средства решения линейных и нелинейных уравнений, основанные на использовании разнообразных методов Ньютона и методов подпространств Крылова. PETSc способен оперировать с различными параллельными форматами матриц, включая хранение сжатыми рядами, блочно-сжатыми рядами и блочно-диагональное.

PETSc спроектирован с учетом расширяемости, поэтому пользователи могут включать собственные солверы и структуры данных при использовании пакета. Пакет также поддерживает интерфейс к различным внешним программным пакетам, включая BlockSolve95, ESSL, Matlab, ParMeTis, PVODE, и SPAI.

PETSc может использоваться в программах на языках C, C++ и Fortran. Для обеспечения обменов в пакете используется MPI.

PETSc имеет различные свойства, облегчающие его использование прикладными программистами. Пользователи могут создавать законченные параллельные программы для параллельного решения ДУЧП без написания большого количества явных процедур передачи сообщений самостоятельно. Параллельные векторы и разреженные матрицы могут быть легко и эффективно собраны с использованием механизмов, реализованных в пакете. Более того, PETSc открывает большие возможности для контроля во время исполнения программы без какого-либо дополнительного пользовательского программного кода. Опции пакета включают в себя управление выбором солвера, предобуславливателя, параметров задачи, а также генерацию логов производительности.

[Nils]

SourceForge.net и GoogleCode теперь закрыты для пользователей из стран, неугодных США

Один из самых крупных сайтов для разработчиков открытого программного обеспечения SourceForge.net был закрыт для пользователей из «неблагоприятных» стран, сообщает Arab Crunch. В черный список попали Куба, Иран, Сирия, Ливия, Судан и Северная Корея.

Пункт, в котором рассказывается, что пользователей из вышеперечисленных стран внесли в черный список, появился в ToS ресурса. Кроме того, жителям этих же стран закрывают доступ к GoogleCode. Эти запреты, инициированные госорганами США, фактически лишают разработчиков из стран "черного списка" участвовать в развитии и разработке open source.

Примечательно, что событие произошло почти одновременно с выступлением Госсекретаря США Хиллари Клинтон на тему свободы в Интернете, в котором она заявила, что у всех пользователей должен быть равный доступ к инновациям, информации и идеям. Напомним, США сейчас активно бодается с Китаем на тему Гуглосвободы - по мнению некоторых аналитиков, вся эта история была специально высосана из пальца ради того, чтобы Хиллари могла красиво выступить в честь годовщины своей работы в должности госсекретаря. Проще говоря, нужен был образ врага, причем аккурат к 21 января.

Таким образом видно, что двойные стандарты американской политики никто не отменял. Однако теперь это касается и программирования: бан разработчиков из «неугодных» стран противоречит самой идее создания свободного программного обеспечения и делает его не таким уж свободным.

Новость взята тут

От оно как (IMG:style_emoticons/default/blink.gif) ... вот тебе жаль SourceForge.net хороший проект, теперь из-за США, думаю, нарушается открытая лицензию... (IMG:style_emoticons/default/sad.gif)

[metelev_sv]

В январском линукс формате (январь 2010, №126-127) есть статья под названием "С++ матрицы и векторы" и подзаголовком "Семен Есилевский рассматривает четыре библиотеки, реализующих концепции линейной алгебры, и проводит сравнение их производительности." Не пользовался ни одной из вошедших в обзор библиотек, но обзор понравился. Может кому интересно.

Для просмотра этого блока Вам необходимо создать не менее 100 сообщений

Прикрепленные файлы

 126_127.pdf ( 16.46 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 709

 

[Wild Bill]

HSL - библиотека научных программ.

Представлены программы для различных областей численного анализа.
Официальный сайт. Присутствует и бесплатная часть, только надо зарегистрироваться.

[Wild Bill]

SPHysics - SPH пакет для расчёта течений со свободной поверхностью.

Написан на Фортране для 2D и 3D случаев, есть вариант для параллельных вычислений. Вывод для визуализации в Matlab и ParaView.

[Wild Bill]

Возможно, несколько на в тему...

SuperLie - пакет для системы аналитических вычислений Mathematica, позволяющий работать в алгебрах и супералгебрах Ли.

[Wild Bill]

Интересная страничка по вычислительным пакетам для работы с матрицами:
Homepage of Raf Vandebril
Программы на C++, Fortran, Matlab и документация.

По одному из пакетов есть книга (в сети есть (IMG:style_emoticons/default/smile.gif) )

Matrix Computations and Semiseparable Matrices: Linear Systems (Volume 1)
By Raf Vandebril, Marc Van Barel, Nicola Mastronardi

Publisher: The Johns Hopkins University Press
Number Of Pages: 584
Publication Date: 2007-12-18
ISBN-10 / ASIN: 0801887143
ISBN-13 / EAN: 9780801887147

[Nils]

gnuplot 4.4.0

Сайт проекта

13 марта 2010 вышла новая версия популярной программы для построения графиков gnuplot. Некоторые значительные изменения, по сравнению с серией 4.2, вышедшей пару лет назад:

* Использование библиотек pango, cairo и wxWidgets позволяет получить красивые сглаженные графики. Новые драйверы вывода: pngcairo, pdfcairo, wxt.
* Интерактивная работа с графиками при помощи HTML5 canvas (пример).
* Улучшена интернационализация, поддержка UTF-8.
* Поддержка прозрачности и альфа-каналов в выходных изображениях. Изображение формата PNG можно использовать прямо на графике как элемент построения.
* Дополнительные стили построения линий: circles, rgbalpha.
* Командный синтаксис расширен, в том числе, теперь есть циклы. Пример:

Код

      plot for [i=1:10] foo(i)
      plot for [file in "a.dat b.dat c.dat"] file

По материалам


GraphViz: примеры создания графов и взаимосвязей

Есть много типов данных, которые можно и нужно представить наглядно в виде зависимости одного от другого. Это и генеалогическое дерево, и взаимосвязь проектов друг с другом, и многое другое. Это всё можно вручную отрисовывать в Inkscape, а можно последовать UNIX-way и доверить это GraphViz. Немного своих находок и зарубок на память - пример возможностей GraphViz.

Подробнее тут

[Wild Bill]

Ernst Hairer - Программы для решения нежёских и жёстких сисдем ОДУ. Программы на Fortran и Matlab.

Также на gigapedia.com можно скачать книги:

Solving Ordinary Differential Equations I: Nonstiff Problems (Springer Series in Computational Mathematics)
By Ernst Hairer, Syvert P. Nørsett, Gerhard Wanner

Publisher: Springer
Number Of Pages: 528
Publication Date: 2008-03
ISBN-10 / ASIN: 3540566708
ISBN-13 / EAN: 9783540566700
Binding: Hardcover

и

Solving Ordinary Differential Equations II: Stiff and Differential-Algebraic Problems (Springer Series in Computational Mathematics)
By Ernst Hairer, Gerhard Wanner

Publisher: Springer
Number Of Pages: 614
Publication Date: 2010-03-08
ISBN-10 / ASIN: 3642052207
ISBN-13 / EAN: 9783642052200

[Wild Bill]

The DOE ACTS Collection

Коллекция проектов программ и средств разработки для создания высокоэффективных научных приложений для суперкомпьютеров.

• Оптимизация
• Дифференциальные уравнения
• Линейные системы
• Нелинейные алгебраические уравнения
• Дифференциально-алгебраические уравнения

и многое другое.

[Nils]

Nils, извини, но интересуясь этой тематикой, не нахожу ссылок.

Здесь нет обиды, но просто действительно не хочется засорять тему зря.

Вот ссылка на caelinux уже была
http://www.caelinux.com/CMS/

а там сразу на Code-Saturne на первой же странице со ссылкой
http://rd.edf.com/107008i/Home-fr/Research...de-Saturne.html

Не знаю что тут можно не найти?! ... тему я почищу! Но буду рад описанию и рецензиям на русском языке, ссылки по 100 раз и посты пустышки только отнимают вниманию от нормальных постов учитывая, что тема справочная, а не просто так чтобы потрепаться.

[serg666]

Библиотечные системы (Каталогизация и др.)

Koha
Emilda
PMB
GCstar
Tellico
OpenBiblio
evergreen

[Wild Bill]

JaxoDraw

JaxoDraw - java программа для рисования фейнмановых диаграмм. Имеется полный GUI, который позволяет выполнять все действия с помощью drag-n-drop. Также возможна точная настройка диаграмм также посредством командных скриптов. Диаграммы могут быть экспортированы в PostScript и могут быть сохранены в файлах XML. Платформы: Linux, Windows и MacOS.

JabRef

JabRef - OpenSource-менеджер для ведения библиографии. Родным форматом файла, используемым JabRef, является BibTeX, стандартный формат библиографии LaTeX. JabRef выполняется на java-VM (версия 1.5 или более новый), и работаeт одинаково хорошо под Windows, Linux и Mac OS X.

Оффтопик: 2 serg666 А можно краткое описание?

[Nils]

Open Source CFD International Conference 2010
Date: 4th & 5th November

Подробнее тут

[Nils]

Вышел CAElinux 2010

Официальный сайт

(IMG:http://www.caelinux.com/CMS/images/stories/Screenshots/caelinux2010S.jpg)

After more than one year of developments, the new CAELinux 2010 is now officially released.

CAELinux 2010 is based on the recent Ubuntu 10.04 LTS 64bit distribution and contains a unique suite of open source simulation tools like Salome_Meca 2010, Code-Aster 10.1, Code-Saturne 2.0, OpenFOAM 1.7, Elmer 5.5 and many others. CAELinux 2010 represents a complete rebuild of the distribution with up-to-date software for a better support of modern hardware and a significantly enhanced ease of use, and we hope that you will enjoy it. This release is only available in the form of an liveDVD ISO image that can be burned on a DVD or installed on a USB key for "mobile" use and testing and then installed on hard-disk for best performance.

The features / programs included in CAELinux 2010 distribution are the following:

• LiveDVD distribution based on Ubuntu 10.04 LTS 64 bit with Kernel 2.6.32-24
• Runs directly from the DVD or from USB key without any installation
• Optional installation to hard disk with the simple Ubuntu installer
• Dedicated to CAE , scientific computing and mathematical modelling with emphasis on finite element simulation and computational fluid dynamics
• Includes the integrated 3D pre-/ post / FE solver package SALOME_MECA 2010 (GPL, developped by EDF, France) which represents the fusion of Salome v5.1.3 GUI and Code-Aster STA10.1 finite element solver (updated, GPL)
• Offers a complete solution for CFD with OpenFOAM 1.7 , Gerris and Code-Saturne 2.0 solvers
• Contains several 2D & 3D CAD/pre/post packages: Paraview, OpenDX, EnGrid 1.2, Elmer GUI, Netgen, Tetgen, GMSH v2, Salome v.5.1.3 & QCad
• Includes other simulation softwares for multiphysics simulation: Elmer v5.5 , Calculix v2.1, Impact, MBDyn, Dynela, Fenics
• Offers several scientific tools like GNU Octave (+ QtOctave GUI ), R & Rkward, Scilab, wxMaxima, Scipy, Latex and a full set of developpement tools / compilers.

PS (IMG:style_emoticons/default/total_sc.gif)

[Wild Bill]

А теперь вопрос дилетанта в Linux! А его под CentOS 5.5 собрать можно? Я установил эту систему и меня одалевают сомнения о пригодности для неё программ под Ubuntu и Debian.

[Nils]

А теперь вопрос дилетанта в Linux! А его под CentOS 5.5 собрать можно? Я установил эту систему и меня одалевают сомнения о пригодности для неё программ под Ubuntu и Debian.

CAELinux - это дистрибутив, а не пакет. Раньше CAELinux строился на базе PCLinux, не знаю родственник он CentOS или нет, теперь строится на базе Ubuntu. deb пакеты можно переделывать в rpm пакеты, например, для Fedora, но насколько реально таким образом транслировать, например, Code-Aster и будет ли это потом работать я судить не могу.

Думаю, единственная альтернатива CAELinux - это каждую конкретную программу собирать из исходников, с соответствующих каждой конкретной программе сайтов. Дело это муторное, думаю, для многих проще и реальнее ставить CAELinux, где уже все установлено.

[Wild Bill]

OpenLB - open source lattice Boltzmann code.

Официальный сайт

OpenLB ...

... библиотека для моделирования уравнений Больцмана на решётке
... код написан на C ++ и может использоваться, чтобы моделировать физические явления, с упором на CFD.
Ядро основано на множестве моделей Больцмана на решётке.
Исходный код является модульным и может легко быть расширен прикладными программистами.

... подходит для высокоэффективного вычисления
Библиотека оптимизирована для одного процессора.
Эффективная паралеллизация достигнута с помощью MPI. Хорошая масштабируемость на тысячах ядер, и достигнута эффективность до нескольких миллиардов обновлений местоположения частиц в секунду в трехмерных приложения.
Достигнута оптимизация памяти в случае нерегулярных границ области.

.... общий код
Исходный код является бесплатным и может использоваться в соответствии с лицензией Gnu General Public License V.2 (GPL2).
В настоящее время участвуют разработчики из разных стран, и новые разработки приветствуются.

... и больше
Поддерживаются контрольные точки для последовательного и параллельного выполнения программы.
Представление данных в формате VTK позволяет визуализацию и анализ данных с внешними программами, например, Paraview.
Поскольку библиотека основана на простых концепциях, она подходит для обучения расчётам в и на решётке.

[Nils]

Под открытой лицензией вышла книга "Free Pascal и Lazarus: Учебник по программированию"

Free Pascal и Lazarus: Учебник по программированию
Е.Р. Алексеев, О.В. Чеснокова, Т.В. Кучер
ALT Linux, 2010, ISBN
Формат: 70x100/16. Тираж: 1000 экз.. 438 с

 freepascal.pdf ( 5.08 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 2004


Или тут

Авторы книги давно хотели написать учебник по программированию, который был бы полезен пользователям различных операционных систем. Благодаря компании ALT Linux, мы попытались это сделать. В качестве языка программирования был выбран язык Free Pascal, который представляется нам ясным, логичным и гибким языком и приучает к хорошему стилю программирования. Свободно распространяемые компиляторы языка Free Pascal реализованы во многих дистрибутивах Linux, есть свободные компиляторы и для ОС Windows. Кроме того, в этой книге мы попытались познакомить читателя с принципами создания визуальных приложений в среде Lazarus. В настоящее время существует множество подходов к изучению программирования. По мнению авторов, нельзя изучать программирование на каком-либо языке, не изучив методы разработки алгоритмов. Одним из наиболее наглядных методов составления алгоритмов является язык блок-схем. Об этом свидетельствует и многолетний опыт авторов преподавания программирования. Мы попытались написать учебник по алгоритмизации и программированию, насколько нам это удалось — судить читателю.

Авторы надеются, что читатель имеет первоначальные навыки работы на персональном компьютере под управлением ОС Linux или Windows и знаком со школьным курсом математики.

[Nils]

GNU Octave 3.4.0

Сайт проекта

В новой версии традиционно много изменений:

• Библиотеки BLAS и LAPACK стали обязательны для сборки, в связи с чем куски этих библиотек удалены из исходных текстов Octave. Напротив, библиотека ARPACK включена в состав Octave и теперь не требуется при сборке.
• За счёт расширения возможностей функции lookup, функция ismember была переписана и стала намного более быстрой.
• При получении элементов матриц по индексу внутренняя переменная index_vector кешируется, что устраняет задержки при повторном индексировании.
• Индексирование разреженных матриц также подверглись пересмотру и стало намного быстрее, что отразилось и на других операциях с разреженными матрицами.
• Логические матрицы хранятся и используются более эффективно.
• Ускорены функции sub2ind и ind2sub.
• Встроенные эквиваленты функций plus, times, mtimes, and и or теперь принимают несколько аргументов.
• Добавлена поддержка объекта ftp на основе libcurl.
• Поведение функций ismatrix, issquare и issymmetric изменено и стало более логичным.
• Указатели на функции теперь учитывают то, что функции могут быть перегружены.
• Перегрузка функций для встроенных классов (double, int8, cell и т.д.) теперь совместима с Matlab.
• Можно сравнивать указатели на функции с помощью операторов == и !=.
• Для многомерных массивов улучшена производительность конкатенации.
• Операторы присваивания (+=, -=, *= и /=) в некоторых случаях стали работать более эффективно.
• Исправлено сравнение комплексных чисел с помощью операторов <, >, <= и >=. Теперь оно эквивалентно лексикографическому сравнению пар [abs(z), arg(z)].
• Удалён тип данных list.
• Для команды pkg добавлена опция -forge, которая позволяет скачивать и устанавливать дополнительные пакеты автоматически. Пример: pkg install -forge general
• Множество других оптимизаций.
• Несколько изменений направленных на увеличение совместимости с Matlab'ом.
• Традиционно, новая порция функций объявлена устаревшими, а некоторые — удалены. Также некоторые функции перенесены из дополнительных пакетов в основной код.

Оригинал новости тут

[Nils]

Scientific Linux 6.0

Вышел Scientific Linux 6.0.

Подробнее тут

[Const]

Научная графика.

1. Gnuplot выше уже упомянуто.
Плюсы:
+ весьма легковесная программа;
+ работает с огромными (в предел не утыкался, видимо — насколько хватит памяти) массивами;
+ великолепно вписывается в скрипты для автоматизации обработки данных;
+ умеет принимать данные из pipe, соответственно, может использоваться для визуализации расчётов;
+ неплохой инструментарий фиттинга, позволяет аппроксимировать функции произвольного вида;
+ огромный выбор форматов вывода результатов;
+ в некоторых форматах вывода позволяет делать подписи в TeX-стиле.
Минусы:
- относительно медленно работает с поверхностями;
- плохо (никак) работает с объёмами;
- слабо работает с векторными полями;
- не имеет достаточно развитых средств работы с данными (ну, собственно, как бы не задача гнуплота, но всё-таки);
- не умеет полупрозрачность.

2. matplotlib — питоновый модуль для научной графики.
Плюсы:
+ является надстройкой над SciPy со всеми его плюсами;
+ умеет работать с неструктурированными сетками;
+ за счёт Python — умеет обрабатывать данные.
Минусы:
- не всегда приемлемая скорость работы — интерпретируемый язык в основе;
- ограниченно работает с поверхностями;
- не умеет работать с объёмами.

3. MathGL — библиотека для создания научной графики.
Плюсы:
+ имеет интерфейсы к Fortran, С/С++, Python, ряду других языков программирования (за счёт использования SWIG);
+ имеет собственный скриптовый язык;
+ работает с графиками, поверхностями, векторными полями и объёмами;
+ умеет полупрозрачность (благодаря OpenGL);
+ имеет средства обработки данных как за счёт использования языков программирования, так и в рамках скрипта;
+ умеет подписи в TeX-стиле;
+ имеет GUI для работы со скриптами (называется UDAV).
Минусы:
- высокий порог вхождения (на мой взгляд — заметно выше, чем для gnuplot и matplotlib);
- не всегда понятный синтаксис (я эту проблему решаю прямым вопросом автору, благо он живёт в Нижнем Новгороде и понимает по-русски (IMG:style_emoticons/default/wink.gif) ).

Как-то так.
Не претендую на объективность, но постарался описывать как можно более беспристрастно.

[Nils]

Scisoft 7.5

Linux для астрономов на базе Fedora 11

На сайте Южной европейской обсерватории

Data Analysis Systems

IRAF 2.14-1
ctio - Utilities from CTIO
gemini 1.9 - Utilities from the Gemini Telescopes
gmisc - Miscellaneous utilities for Gemini
mxtools (Dec2001) - Utilities from NOAO including QDPHOT
guiapps - Graphical applications for IRAF
xdimsum (Jan2003) - Enhanced IR data reduction and mosaicing software
ifocas (Apr2001) - Enhanced object detection and classification software
dimsum 3.0 (Aug2002) - IR data reduction and mosaicing software
color - Utilities for creating colour images
fitsutil - FITS utilities
mscred 4.8 (May 2004) - Mosaic camera CCD reduction tasks from NOAO
esowfi 1.3 (Mar2001)
eis 1.8 (May2002) - ESO Imaging Survey IRAF tasks (EIS Drizzle etc)
rvsao 2.7.8 - Spectral Radial Velocity package from CfA - Updated in Scisoft 7.5
nmisc 020618 - IRAF miscellany
xccdred - CCD reduction for multi-port chips
stecf 1.5 - Utilities from ST-ECF, including polarimetry reduction and spectral restoration packages
STSDAS/TABLES 3.12 - HST data analysis and tables systems - Updated in Scisoft 7.5
ECL - Enhanced CL
Eclipse 5.0 - Includes ISAAC, CONICA, WFI, Lua and ADONIS add-ons
ESO-MIDAS 09Sep pl1.2 - Updated in Scisoft 7.5
PyMidas 1.0.5
IDL 7.1 - Interactive Data Language from RSI. Commercial package, requires license - Note: NOT included in EXPORT version
Astron (April 2010) - Goddard Astron IDL astronomical procedure library - Updated in Scisoft 7.5
StarFinder - IDL adaptive optics photometry software
JHUAPL Library (Aug2004) - IDL procedure collection from Johns Hopkins
ATV - an interactive display tool for IDL
Gildas (May09d) - Radio astronomy applications from IRAM
Difmap 2.4j - Interactive program for radio synthesis imaging from Caltech
Miriad 3.1 Calibration, mapping, deconvolution and image analysis of interferometric data
Karma 1.7 - Toolkit for interprocess communications, authentication, encryption, graphics display, user interface and manipulating the Karma network data structure
MiniCRUSH 1.05-3 - A minimalistic version of CRUSH for LABOCA & ASZCA - Updated in Scisoft 7.5
BoA - Bolometer Array Analysis Software - Updated in Scisoft 7.5


Image Display Servers

x11iraf 1.3.1 - May 2000 version, including xgterm (but excluding ximtool)
SAOImage 1.35.1 - The original, needs 8bit Xserver
DS9 6.0 - Latest display server from SAO. Works with 24bit X servers - Updated in Scisoft 7.5
XPA 2.1.7b2 - Messaging system from SAO. Used by DS9.
Skycat 3.0.1 - ESO image display tool with catalogue and image server access
fv 5.3
QFitsView 2.0 Rev 400 - FITS file viewer
Gaia 4.2.2 - Graphical Astronomy and Image Analysis Tool


Graphics Software

SM 2.4.26 (Dec2002) - SuperMongo - Note: NOT included in EXPORT version
PGPLOT 5.2 - Graphics library
gnuplot 4.2.3 - Command-line driven interactive function plotting utility
Grace 5.1.9 - 2D WYSIWYG plotting tool
ggobi 2.1.8 - Data visualisation in 3D
Matplotlib 0.99 - Python 2D plotting library
PLplot 5.9.4 - Cross-platform software package for creating scientific plots.


Scripting Languages

Python 2.5.4 - General purpose, object orientated, extensible scripting language
Numeric 24.2
Scientific 2.4.9
RV 1.1
Imaging (PIL) 1.1.4
Pmw 1.2
pcfitsio 0.99.2
_sre readline _locale thread zlib fcntl pwd grp errno select mmap _socket termios _tkinter
asciidata 1.1.1
binascii
ipython 0.9.1
scipy 0.7.1
Gnuplot 1.7
ppgplot 1.3
biggles 1.6.4
psyco 1.4
pygame 1.7.1
cStringIO & cPickle
wx 2.8.8.1 (wxPython)
healpy 0.9.2
STScI_Python 2.9 - STScI Python packages, - Updated in Scisoft 7.5 including the following:
PyRAF 1.9.0 - Python replacement for IRAF cl
numarray 1.5.2 - Enhanced Python numerical package from STScI
PyFITS 2.3.1 - Python FITS package from STScI
PyDrizzle 6.3.5 - Drizzling software
MultiDrizzle 3.3.7 - Automatic image combination drizzling software
NumPy 1.3.0 - Python package for scientific computing
Java 1.6.0_20 - Java runtime environment and JDK - Updated in Scisoft 7.5
DPUser 2.0 Rev 400 - Interactive language for handling numbers, strings, and matrices


Scientific Libraries

GSL 1.9 - The GNU Scientific Library
DISLIN 9.1 - Scientific Data Plotting software
CFITSIO 3.24 - FITS File Subroutine Library - Updated in Scisoft 7.5
LAPACK Release 3.1.1 - Linear Algebra Subroutine Library
Atlas 3.8.3 - Another Linear Algebra Library
FFTW 3.2.2 - Fast Fourier Transform library - Updated in Scisoft 7.5
plotutils 2.5 - GNU plotting utilities
JPype 0.5.2.2 - Java to Python integration
Funtools 1.4.0 - "Minimal buy-in" FITS library and utility package


Miscellaneous Utilities

wcstools 3.8.1 - World Coordinate System software tools and library from Doug Mink at SAO- Updated in Scisoft 7.5
Astromatic Software Tools SExtractor 2.5.0, SWarp 2.17.6, SCAMP 1.7.0, EyE 1.4.1, MissFits 2.2.11, SkyMaker 3.3.3, STIFF 2.1.2, Stuff 1.19 & WeightWatcher 1.8.10
Tiny Tim 7.0 (June 2008 - including WFC3) - HST point-spread function simulation software
Xephem 3.7.2 - Planetarium and ephemeris software
dss & dss2 - Digitized Sky Survey image extraction software
Cloudy 06.01 - Plasma simulation and spectral synthesis code (no patches applied)
HyperZ 1.1 - Photometric Redshift Code
Latex style files - A collection of style files for astronomical journals
DAOPhot - Stellar Photometry and related packages from Peter Stetson at DAO/HIA, see agreement for redistribution or access to the source code
fitsverify - FITS format checker
fitscut - Image cutout and conversion utility
graphviz 2.20.2 - Graph Visualisation Software
fpack and funpack 1.4.1 - FITS file compression utilities - Updated in Scisoft 7.5


Virtual Observatory Tools [see FAQ entry]

Aladin - Aladin Sky Atlas
VOspec - tool for handling Virtual Observatory compliant Spectra
VOplot - VOTable plotting tool
Plastic - PLatform for AStronomical Tool InterConnection
Specview
Splat - Spectral Analysis Tool
Stilts - Starlink Tables Infrastructure Library Tool Set
TOPCAT - Tool for OPerations on Catalogues And Tables
VirGO - Visual Browser for the ESO Science Archive Facility
VisIVO - Visualisation Interface to the VO

[Wild Bill]

Некоторой баг... Установил Gnuplot 4.4 на Win7 x64, запускается, но графическое окно вешает программу. Конечно, Gnupolt -- x32, но другого я не видел. (IMG:style_emoticons/default/sad.gif)

[Nils]

Основы использования свободных пакетов: SALOME, OpenFOAM и ParaView при решении задач МСС

Базовый учебный курс

Построение курса:

• Тренинг курс состоит их 2-х условных частей и проводится за два полных учебных дня.
• Занятия проводятся в учебном классе ИСП РАН с использованием Web-лаборатории UniHUB созданной в рамках программы "Университетский кластер"
• Для прохождения курса обучения будут сформированы учебные группы слушателей (не более 30, из расчета 2 слушателя на 1 терминал) на основании первых 30 заявок.
• Занятия первой группы пройдет 25-26 апреля 2011 года. О дате начала занятий остальных групп будет сообщено дополнительно.
• Обучение проводится бесплатно. Участники оплачивают только командировочные расходы (проезд, проживание, питание).

...
Уважаемые коллеги!

Формирование учебной группы на прохождение курса 25-26 апреля 2011 года окончено. Однако, на сайт программы продолжают поступать новые заявки. Больше спасибо за ваш интерес к данному мероприятию! При наличии достаточного числа новых заявок будет рассмотрена возможность организации еще одной учебной группы по прохождению данного курса. В этом случае поступившие заявки будут включены в эту группу автоматически, а о времени проведения курса будет сообщено дополнительно.

Тут

[Wild Bill]

Приглашение в Космологию

Сайт создан для того, чтобы сделать вычисления в области космологии лёгкими и безболезненными (IMG:style_emoticons/default/smile.gif) . Есть исходники программ (см.).

[Wild Bill]

Studying null and time-like godesics in the classroom

Появилась учебная статья Thomas Müller und Jörg Frauendiener об изучении геодезических с помощью программы.

In a first course of general relativity it is usually quite difficult for students to grasp the concept of a geodesic. It is supposed to be straight (auto-parallel) and yet it 'looks' curved. In these situations it is very useful to have some explicit examples available which show the different behaviour of geodesics. In this paper we present the GeodesicViewer, an interactive tool for studying the behaviour of geodesics in many different space-times. The geodesics can be represented in several ways, depending on the space-time in question. The use of a local reference frame and 'Cartesian-like' coordinates helps the students to develop some intuition in various situations. We present the various features of the GeodesicViewer in the form of readily formulated exercises for the students.

Страница авторов, исходники

[Nils]

unplot.py: извлекаем табличные данные из графиков

Недавно разгребал резервные копии, и обнаружил скрипт, который, пожалуй, может кому-нибудь пригодиться. Программа делает действие обратное построение графику: по изображению графика восстанавливает таблицу с числовыми данными. Поэтому она и называется unplot.

Тут

[Const]

Некоторой баг... Установил Gnuplot 4.4 на Win7 x64, запускается, но графическое окно вешает программу. Конечно, Gnupolt -- x32, но другого я не видел. (IMG:style_emoticons/default/sad.gif)

Извиняюсь, что поздно заметил.
Так оно-ж в исходных кодах идёт. Собрать в x64 окружении не пробовали?

[Wild Bill]

(Извинений точно не стоит...(IMG:style_emoticons/default/smile.gif) )
Нет... не собирал под Винды, слишком много надо устанавливать дополнительно. Пользую сейчас под Linux, всё нормально. (IMG:style_emoticons/default/smile.gif)
А под Вин 7 у меня вдруг и ParaView стал глючить... и сервиспак не ставится... Хотел купить лицензионный, но продавец сказал, что и у того эти проблемы есть. (IMG:style_emoticons/default/sad.gif)

[Const]

(Извинений точно не стоит...(IMG:style_emoticons/default/smile.gif) )
Нет... не собирал под Винды, слишком много надо устанавливать дополнительно. Пользую сейчас под Linux, всё нормально. (IMG:style_emoticons/default/smile.gif)
А под Вин 7 у меня вдруг и ParaView стал глючить... и сервиспак не ставится... Хотел купить лицензионный, но продавец сказал, что и у того эти проблемы есть. (IMG:style_emoticons/default/sad.gif)

Так ParaView, вроде, свободный?
По крайней мере код они отдают, и в моём дистрибутиве он есть.
Вот кстати, одно из преимуществ Linux: научный OpenSource в большинстве дистрибутивов присутствует и ставится одной командой.

[Wild Bill]

Да я про SP1 для Win7....

[Nils]

Вышел CAElinux 2010

Официальный сайт

Давно интересовал вопрос: можно ли обновлять CAElinux 2010, вот нашел ответ автора проекта, насколько я понял

Hi,
for your information, I tried an distro upgrade from CAELinux 2010 / Ubuntu 10.04LTS to 10.10. Result: everything went fine and Salome, Aster, Saturne, GMSH, Netgen, Paraview, ITKSnap, Elmer all worked perfectly after upgrade...

However, I don't recommend upgrading if you don't have an excellent reason (hardware support for example)!

тут

Значит, обновлять можно, но если нет серьезных поводов, то не стоит! Там же на форуме написано, что автор работает над следующей версией, но дата релиза пока не объявляется.

[Nils]

NVIDIA анонсировала открытие исходных кодов нового компилятора CUDA

Сегодня NVIDIA анонсировала открытие исходных кодов нового компилятора CUDA, основанного на технологиях LLVM, для академических групп и разработчиков програмного обеспечения. Это позволит облегчить программирование GPU на различных языках и добавить возможность запускать CUDA программ на альтернативных вычислительных архитектурах. Также в NVIDIA надеются на ускорение развития гетерогенных вычислительных архитектур нового поколения.

Новый CUDA компилятор, основанный на технологии LLVM доступен в последнем выпуске CUDA Toolkit (версия 4.1).

Разработчики программного обеспечения смогут использовать исходные коды компилятора для создания собственных решений.

Doug Miles, директор The Portland Group:

Эта инициатива позволит PGI создать нативные компиляторы CUDA Fortran и OpenACC. Также позволит безпроблемно выполнять отладку и профилирование, используя существующие инструменты, и PGI сфокусируется на высокоуровневой оптимизации и языковых особенностях.

Доступ к исходным кодам компилятора CUDA квалифицированные академические исследователи и разработчики программного обеспечения могут получить после регистрации тут

Оригинал

Вышел CAELinux 2011!

Официальный сайт

Представлен дистрибутив CAELinux 2011, построенный на основе Ubuntu 10.04 и отличающийся расширенной подборкой отсутствующих в стандартных репозиториях специализированных приложений, нацеленных на автоматизацию выполнения инженерных задач, математическое моделирование и научную деятельность. Размер загрузочного iso-образа - 4 Гб, дистрибутив оформлен в виде LiveDVD/LiveUSB. Так же, iso-образ доступен по протоколу BitTorrent.

Некоторые из входящих в поставку приложений:

• Пакет для моделирования и анализа протекания термодинамических процессов SALOME_MECA 2011.2;
• Пакеты по вычислительной гидродинамике OpenFOAM 2.0.1, Gerris и Code-Saturne 2.0.2;
• Системы 2D и 3D проектирования (САПР) и пре-/постобработки данных: Paraview, OpenDX, EnGrid 1.2, Elmer GUI, Netgen, Tetgen, GMSH v2.5, Salome v.6.3, Freecad 0.12, QCad;
• Системы симуляции физических процессов: Elmer v6.2, Calculix v2.1, Impact, MBDyn, DynELA, FEniCS;
• Пакеты для научных расчётов: OpenModelica, GNU Octave (+ QtOctave GUI ), R & RKWard, Scilab, wxMaxima, SciPy, LaTeX.

Оригинал