IPB                

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )


ФорУм - для ума ©
БСЭ; DJVU Библиотека - Основное книгохранилище
2 страниц V   1 2 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
Gaussian
asp99
сообщение 1.03.2007, 16:35
Сообщение #1


Магистр
****

Группа: Member
Сообщений: 398
Регистрация: 14.8.2005
Из: Россия
Пользователь №: 114
Поблагодарили: 66 раз(а)




Здравствуйте, может быть, кто-нибудь знает, где можно скачать этот пакет в Сети (с "лекарством").
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
ycheff
сообщение 1.03.2007, 22:15
Сообщение #2


Ректор
********

Группа: Moderator
Сообщений: 6489
Регистрация: 9.12.2006
Из: Моск. обл.
Пользователь №: 3363
Поблагодарили: 12887 раз(а)




У меня есть gaussian 98_A5 на диске. Это чуть более 152 МБ. Написано, что работает с диска. К стыду своему я его пока не освоил.


--------------------
I've never been clever, because need it never...
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
i.nick
сообщение 4.03.2007, 1:07
Сообщение #3


Абитуриент
*

Группа: Member
Сообщений: 14
Регистрация: 15.11.2006
Пользователь №: 3170
Поблагодарили: 3 раз(а)




Цитата(asp99 @ Mar 1 2007, 04:35 PM) [snapback]26399[/snapback]
Здравствуйте, может быть, кто-нибудь знает, где можно скачать этот пакет в Сети (с "лекарством").


Нигде не скачаешь, т.к. сейчас это коммерческий и весьма прибыльный проект (1 академ.лицензия = 500$). Скорее всего тебе еще понадобится GaussView.

Просьба все консультации перевести в личную переписку. Администрация.

Сообщение отредактировал Elena - 4.03.2007, 15:58
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 4.03.2007, 12:17
Сообщение #4


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Где-то валялся Gaussian 94. нО лучше обратитесь к i.nick!


URL http://physics-of-molecules.odessit.org/li...an/G94/G94W.zip

Сообщение отредактировал eurisco1 - 20.07.2007, 20:04
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
forarticles
сообщение 12.03.2007, 17:54
Сообщение #5


Абитуриент
*

Группа: Novice
Сообщений: 1
Регистрация: 12.3.2007
Пользователь №: 4074
Поблагодарили: 0 раз(а)




Цитата(asp99 @ Mar 1 2007, 01:35 PM) [snapback]26399[/snapback]
Здравствуйте, может быть, кто-нибудь знает, где можно скачать этот пакет в Сети (с "лекарством").


Попробуй eDonkey. В свое время видел там и Gaussian (03 Revision B.03), и Gaussview.

Не поленился, посмотрел, оно и сейчас там лежит (98-ой тоже есть). Удачи.
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 13.04.2007, 20:07
Сообщение #6


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Здравсвуйте!
Существует plugin для Gaussian - программа GaussRate (распространяется в исходниках на f77).
Нужна программа GaussRate, адаптированная для Windows (есть вариант для *nix).

Где можно найти? Может быть у кого - нибудь есть?
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
Ллюль
сообщение 25.04.2007, 0:49
Сообщение #7


Доцент
******

Группа: Member
Сообщений: 1654
Регистрация: 10.11.2006
Пользователь №: 3120
Поблагодарили: 882 раз(а)




Как чел, давно использующий гауссиан хочу сказать, что он вполне (а иногда с куда большей производительностью) может быть заменён другими программами. Например Gamess - бесплатная и неплохая прога.

Вообще у меня есть несколько версий G98 и G03 под винду и линукс, последняя - G03 Rev C02 (Linux), но сейчас распространять без лицензии такие проги очень не рекомендуется (IMG:http://www.sci-lib.net/style_emoticons/default/sad.gif)

Так что - Gamess или "природа". Природа - не коммерческий продукт, найти сложно, но это - лучшее, что есть на данный момент во всём мире (имхо).


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
StYV
сообщение 7.05.2007, 15:51
Сообщение #8


Абитуриент
*

Группа: Member
Сообщений: 17
Регистрация: 6.5.2007
Пользователь №: 4571
Поблагодарили: 2 раз(а)




Цитата(asp99 @ Mar 1 2007, 05:35 PM) [snapback]26399[/snapback]
Здравствуйте, может быть, кто-нибудь знает, где можно скачать этот пакет в Сети (с "лекарством").


Обратите внимание на сайт http://www.cambridgesoft.com/. На нем есть пакет Хемоффис. Его можно скачать, предварительно зарегистрировавшись, фирма высылает ключ и в течение месяца можно пользоваться. В пакете есть различные программы обсчета. Если Вы собираетесь работать с ним дальше, то необходимо побеспокоится об этом заранее, так как через месяц она отрубится и все - переустановка не помогает.
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
ycheff
сообщение 7.05.2007, 17:33
Сообщение #9


Ректор
********

Группа: Moderator
Сообщений: 6489
Регистрация: 9.12.2006
Из: Моск. обл.
Пользователь №: 3363
Поблагодарили: 12887 раз(а)




Я использую HyperChem 7.0. Можно рассчитывать много чего, например, поляризуемость (задавая поле), электронный спектр, колебательный спектр (с анимациями колебаний).


--------------------
I've never been clever, because need it never...
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
vse
сообщение 8.05.2007, 12:00
Сообщение #10


Куда лечу? Куда хочу? :-)
********

Группа: Supermoderator
Сообщений: 5192
Регистрация: 14.12.2006
Из: from Kyiv
Пользователь №: 3417
Поблагодарили: 2111 раз(а)




Цитата(ycheff @ May 7 2007, 05:33 PM) [snapback]33427[/snapback]
Я использую HyperChem 7.0. Можно рассчитывать много чего, например, поляризуемость (задавая поле), электронный спектр, колебательный спектр (с анимациями колебаний).


Да только стоит он (IMG:http://www.sci-lib.net/style_emoticons/default/sad.gif)
и считает медленно. Хотя конечно все красиво и наглядно.


--------------------
Место знакомств (ХИМИКОВ)
Химики всех стран знакомьтесь!!!

The world makes sense all right; it makes common sense. . . But common
sense is not what we put into the world. It is what we find there.
The Common Sense of Science Chapter V (p. 78)
Jacob Bronowski
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
GarikW
сообщение 22.06.2007, 18:19
Сообщение #11


Абитуриент
*

Группа: Novice
Сообщений: 7
Регистрация: 22.6.2007
Пользователь №: 4902
Поблагодарили: 0 раз(а)




Вообще, есть еще такая "программка" как Accelrys Material Studio. Правда если брать лицензию, то очень дорого.
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
vse
сообщение 25.06.2007, 16:10
Сообщение #12


Куда лечу? Куда хочу? :-)
********

Группа: Supermoderator
Сообщений: 5192
Регистрация: 14.12.2006
Из: from Kyiv
Пользователь №: 3417
Поблагодарили: 2111 раз(а)




Цитата(GarikW @ 22.06.2007, 17:19) [snapback]37315[/snapback]
Вообще, есть еще такая "программка" как Accelrys Material Studio. Правда если брать лицензию, то очень дорого.


И что она делает?


--------------------
Место знакомств (ХИМИКОВ)
Химики всех стран знакомьтесь!!!

The world makes sense all right; it makes common sense. . . But common
sense is not what we put into the world. It is what we find there.
The Common Sense of Science Chapter V (p. 78)
Jacob Bronowski
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 25.06.2007, 18:37
Сообщение #13


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Да, практически всё (для DFT).


А точнее здесь

Materials Studio Products

Analytical and Crystallization Materials Studio's analytical and crystallization software helps you to investigate, predict, and modify crystal structure and crystal growth.

Quantum and Catalysis Quantum and semi-empirical tools are extremely accurate, allowing you to supplement or replace experimental results with computed ones, saving time and expenses.


The Tools
CASTEP Allows users to predict electronic, optical, and structural properties with high accuracy. Offers simulation capabilities not found elsewhere, such as accurate prediction of phonon spectra, dielectric constants, and optical properties.
DMol3 Combines computational speed with the accuracy of quantum mechanical methods to predict materials properties both reliably and quickly. Extremely versatile and can be applied to research problems in chemistry, materials science, chemical engineering, and solid state physics.
NMR CASTEP A tool for predicting accurate NMR chemical shift tensors, isotropic shifts, and electric field gradients for any material with tremendous reliability — relative isotropic shifts can be predicted to within a few ppm. Computed chemical shifts enable chemical shifts to be assigned unambiguously; to discriminate between crystal polymorphs; or to analyze the degree of disorder in crystalline minerals.
Sorption Sorption provides a means of predicting fundamental properties, such as sorption isotherms (or loading curves) and Henry’s constants, needed for investigating separations phenomena.
VAMP Capable of calculating many physical and chemical molecular properties very rapidly. Its speed, stability and reliability make it ideally suited to use for high-throughput screening in areas such as computational drug discovery.


Visualization and Statistics Enable you to quickly screen compounds and obtain greater insight in to factors affecting properties.

Polymers and Classical Simulation Polymer and simulation software allows you to construct and characterize models of isolated chains or bulk polymers, either crystalline or amorphous, and predict key properties, including miscibility and blending, mechanical behavior, diffusion, cohesion and wetting, and adhesion at surfaces.

Materials Component Collection Materials Component Collection makes the key functionality of Materials Studio's QSAR Plus available within SciTegics’ Pipeline Pilot™. Functionality includes GFA, VAMP Descriptors, DMol3 Descriptors, and Forcite Descriptors.
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 10.07.2007, 17:09
Сообщение #14


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Может быть обсудим графические интерфейсы для QC-program package.

Может быть кто-нибудь пользуется ADF?
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
ltue
сообщение 19.08.2007, 16:58
Сообщение #15


Абитуриент
*

Группа: Novice
Сообщений: 5
Регистрация: 19.8.2007
Пользователь №: 5269
Поблагодарили: 1 раз(а)




Есть бесплатные программы с неплохими возможностями GAMESS (www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html) и PCGAMESS (classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html).
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
ltue
сообщение 19.08.2007, 18:03
Сообщение #16


Абитуриент
*

Группа: Novice
Сообщений: 5
Регистрация: 19.8.2007
Пользователь №: 5269
Поблагодарили: 1 раз(а)




Цитата(eurisco1 @ 10.07.2007, 18:09) [snapback]38600[/snapback]
Может быть обсудим графические интерфейсы для QC-program package.


Gabedit is a Graphical User Interface for Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, PC Gamess and Q-Chem computational chemistry packages.

Major features
Gabedit can Creates input file for GAMESS(US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO , MPQC PCGamess and Q-Chem.
Gabedit can graphically display a variety of Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, PCGamess, Q-Chem and (partially) ADF calculation results, including the following
Molecular orbitals.
Surfaces from the electron density, electrostatic potential, NMR shielding density, and other properties.
Surfaces may be displayed in solid, translucent and wire mesh modes. they are can be colorcoded by a separate property.
Contours (colorcoded), Planes colorcoded, Dipole. XYZ axes and the principal axes of the molecule.
Animation of the normal modes corresponding to vibrational frequencies.
Animation of the rotation of geometry, surfaces, contours, planes colorcoded, xyz and the principal axes of the molecule.
Animation of contours, Animation of planes colorcoded.
Gabedit can display UV-Vis, IR and Raman computed spectra.
Gabedit can generate a povray file for geometry (including hydrogen's bond),surfaces (including colorcoded surfaces), contours, planes colorcoded.
Gabedit can save picture in BMP, JPEG, PNG, PPM and PS format.
Gabedit can generate automatically a series of pictures for animation (vibration, geometry convergence, rotation, contours, planes colorcoded).


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
ycheff
сообщение 16.11.2007, 17:49
Сообщение #17


Ректор
********

Группа: Moderator
Сообщений: 6489
Регистрация: 9.12.2006
Из: Моск. обл.
Пользователь №: 3363
Поблагодарили: 12887 раз(а)




Gaussian_03W.zip 102 869 KB

Rev. b
Ссылка на gigapedia.org: http://gigapedia.org/redirect.id:b9d02c16a...3b7cbe256b9.url

Rev. c
http://gigapedia.org/items/103812/gaussian-03w-rev--c-01


--------------------
I've never been clever, because need it never...


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
asp99
сообщение 5.03.2008, 9:24
Сообщение #18


Магистр
****

Группа: Member
Сообщений: 398
Регистрация: 14.8.2005
Из: Россия
Пользователь №: 114
Поблагодарили: 66 раз(а)




Здравствуйте, есть ли у кого-нибудь сведения о сравнительном быстродействии различных пакетов, например, Gaussian и Gamess, оба на PC под Windows? Расчеты делаю на домашнем компьютере, поэтому этот вопрос очень актуален. (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif)
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
Ллюль
сообщение 9.03.2008, 0:34
Сообщение #19


Доцент
******

Группа: Member
Сообщений: 1654
Регистрация: 10.11.2006
Пользователь №: 3120
Поблагодарили: 882 раз(а)




Gamess быстрее, gaussian - самый медленный из всех, что я встречал. "природа" - быстрее всех (без потери точности), ~в 10 раз быстрее, чем gaussian. Если есть оба пакета, лучше всего протестировать самому.

ps Есть еще turbomole, хотя я сам не пользовался, но на конференциях его хвалят именно за скорость.


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 9.03.2008, 22:48
Сообщение #20


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Цитата(asp99)
Здравствуйте, есть ли у кого-нибудь сведения о сравнительном быстродействии различных пакетов, например, Gaussian и Gamess, оба на PC под Windows? Расчеты делаю на домашнем компьютере, поэтому этот вопрос очень актуален.



Цитата(Ллюль @ 9.03.2008, 0:34) [snapback]56250[/snapback]
Gamess быстрее, gaussian - самый медленный из всех, что я встречал. "природа" - быстрее всех (без потери точности), ~в 10 раз быстрее, чем gaussian. Если есть оба пакета, лучше всего протестировать самому.

ps Есть еще turbomole, хотя я сам не пользовался, но на конференциях его хвалят именно за скорость.



Расчет - это сложный баланс между временем выполения/надежностью/обоснованностью результата. Для выбранного метода очень многое (если не всё) определяется погрешностями/критериями достоверности вычислительной процедуры.

Если время "поджимает", то можно "поиграть" методами (а смотря по этому выбирать программу). Это более решительный и, как мне кажется, более честный шаг. Если ситуация требует, то можно попытаться применить, например,
метод RI-DFT, реализованный в программных пакетах Orca, Turbomole, Q-Chem (кстати, ускорение 8-10 раз).
Q-Chem - платная программа, Orca и Turbomole - бесплатные (причем, первая из них точно реализована для виндовс для различных платформ, а вторая - не помню ). НО метод достаточно новый, потому плохо проверенный, следовательно, ненадёжный.
Мультиреференсные методы в Orca тоже "быстрые" - можно сосчитать, например, ридберговские состояния С60.
Можно обратить внимание на локальные методы - TRIM, DIM (это по терминологии Q-Chem, но что-то похожее есть и Orca). Можно здорово ускориться, но потерять точность (методы, кстати, не очень уж проверенные. А для проверенных случаев можно говорить только о качественном соответствии).
Можно вспомнить про embedding-DFT (не путать с набором методов эмбеддинга=вложения), реализованные на DeFT (тоже видел на виндовс).

итак, важно не только на чём/чем считать, но и что именно считать. Если Вы уточните, то может быть ответ будет точнее... (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif) Но gaussian - самый надежный и удобный.


PS Happy computing! (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif)

Сообщение отредактировал eurisco1 - 11.03.2008, 11:38


Поблагодарили:
vse,
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 11.03.2008, 11:43
Сообщение #21


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Кстати, у TURBOMOLE и Orca недавно вышли новые релизы:
например,
TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard
quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the
development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and
functionals, but to provide a fast and stable code which is able to treat
molecules of industrial relevance at reasonable time and memory requirements."
(http://www.turbomole-gmbh.com).

New features:

* Vibrational Raman intensities using analytical derivatives of
frequency-dependent TDHF and (hybrid) TDDFT polarizabilities

* Spin-Orbit Coupling Two-component RI-Hartree-Fock and RI-DFT
calculations with Spin-Orbit-ECPs (spin-orbit coupling)

* SCS-RI-MP2 energy and gradients, for closed-shell
HF and UHF reference states, sequential and *parallel* implementation

* Periodic Point Charges for HF and DFT, energy and gradient calculations

* DFT+D, DFT with dispersion, energy + gradients for serial and parallel
version

And many further improvements. For a detailed list see:
http://www.cosmologic.de/QuantumChemistry/improvements.html

А вот ORCA

we hereby announce a new version of ORCA that can be downloaded from our
website at http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/. ORCA is a general
purpose quantum chemistry package with capabilities in semiempirical
methods (MNDO type methods, ZINDO type methods), modern density
functional theory (local DFT, GGA's, meta-GGA's, hybrid DFs, double
hybrid DFs) as well as single- and multireference Hartree-Fock based
methods (RHF,UHF,ROHF,CASSCF,MP2,QCISD(T),CCSD(T),MRCI)

The year 2007 has seen a large increase in the use of ORCA with more
than 850 newly registered users since january 2007. We have received a
significant amount of positive feeback and take this as an obligation
and an inspiration to intensify our efforts to produce an efficient,
parallel, flexible and user friendly code to the benefit of the
scientific community.

In version 2.6.35 the following new changes and features become available:

- Improvements in the parallelization.In particular, parallel RI-MP2
gradients as well as parallel CIS(D) are now available.

- The optimizer has been greatly improved. The occasional "explosions"
that occured in previous versions have been fixed and optimizations,
constraints and relaxed surface scans are more convenient, more stable
and more efficient now. The optimizer now has an "external" feature to
use it together with other programs that evaluate the energy and gradient.

- Transition state searches are now supported and appear to work very
well. Approximate and partial Hessians can be used to start the
eigenvector following and special procedures to stay on the desired mode
have been implemented.

- The performance of the closed shell CCSD(T) program has been
considerably improved in both the CCSD as well as the (T) parts. A full
integral transformation is no longer necessary. For QCISD(T) the storage
of the three-external integrals is completely avoided and the
calculations now run much faster in a partially AO-direct fashion. Parts
of the program as well as an investigation of simplified coupled
electron methods can be found in Wennmohs, F.; Neese, F. (2008) A
Comparative Study of Single Reference Correlation Methods of the
Coupled-Pair Type, Chem. Phys., 343, 217-230

- The resonance Raman, absorption- and fluorescence bandshape program of
Dr. Taras Petrenko has now been officially released and is included as
"orca_asa" in the release. (ASA=advanced spectral analysis). The program
can not only be used to predict spectra but also to analyze experimental
spectra using the time-dependent theory of electronic spectroscopy. The
program pretty much stands on its own but is fully supported by ORCA.
The associated paper is Petrenko, T.; Neese, F. (2007) A general
efficient quantum chemical method for predicting absorption bandshapes,
resonance Raman spectra and excitation profiles for larger molecules. J.
Chem. Phys., 127, 164319

- The theory of the zero-field splitting is now completely implemented
in the framework of density functional theory. The newly develope
coupled perturbed spin-orbit coupling (CP-SOC) procedure is described in
Neese, F. (2007) Calculation of the Zero-Field Splitting Tensor Using
Hybrid Density Functional and Hartree-Fock Theory. J. Chem. Phys., 127,
164112.

- Our efforts on double hybrid density functional theory has continued.
A procedure has been proposed for excited state calculations. It is
described in Grimme, S.; Neese, F. (2007) Double Hybrid Density
Functional Theory for Excited States of Molecules, J. Chem. Phys., 127,
154116. The excellent performance of these functionals in hyperfine
calculations has been tested and documented in Koßmann, S.; Kirchner,
B.; Neese, F. (2007) Performance of modern density functional theory for
the prediction of hyperfine structure: meta-GGA and double hybrid
functionals, Molec. Phys., 105, 2049-2071. The analytic gradient
development was described in Neese, F.; Schwabe, T.; Grimme, S. (2007)
Analytic Derivatives for Perturbatively Corrected 'Double Hybrid'
Density Functionals, J. Chem. Phys., 126, 124115

- For iron complexes, a fairly sophisticated procedure for the
calculation of nuclear resonance vibrational spectra (NRVS) has been
implemented. It is described in Petrenko T.; Sturhahn, W.; Neese, F.
(2008) First principles calculation of Nuclear Resonance Vibrational
Spectra, Hyperfine interactions, in press and DeBeer-George, S.;
Petrenko, T.; Aliaga-Alcade, N.; Bill, E.; Mienert, B.; Sturhan, W.;
Ming, Y.; Wieghardt, K.; Neese, F. (2007) Characterization of a Genuine
Iron(V)Nitrido Species by Nuclear Resonant Vibrational Spectroscopy
Coupled to Density Functional Calculations, J. Am. Chem. Soc., 129,
11053-11060

- We have greatly streamlined the defaults of the MRCI program to make
it more reliable and more user friendly. MRCI calculations can now be
done on top of CASSCF with a single keyword. The program may run slower
than before but the reward is that the selection noise is greatly reduced.

- The use of RI-transformed integrals may lead to very large speedups in
TD-DFT/CIS or static linear response calculations.(Keyword "RITrafo")

- The DKH2 transformation now also works for generally contracted basis
sets.

- The is now more complete support of the NBO procedure via a .47 file
produced by ORCA.

- Scalar relativistic contractions of standard basis sets as well as new
all electron basis sets for the third transition metal row have been
constructed for the use with ZORA or DKH treatments. The basis sets and
their performance in molecular calculations is described in Pantazis,
D.; Chen, X.Y.; Landis, C.R.; Neese, F. All Electron Scalar Relativistic
Basis Sets for Third Row Transition Metal Atoms, JCTC, submitted.



Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
asp99
сообщение 14.03.2008, 10:22
Сообщение #22


Магистр
****

Группа: Member
Сообщений: 398
Регистрация: 14.8.2005
Из: Россия
Пользователь №: 114
Поблагодарили: 66 раз(а)




Цитата(eurisco1 @ 10.03.2008, 1:48) [snapback]56310[/snapback]
Расчет - это сложный баланс между временем выполения/надежностью/обоснованностью результата. Для выбранного метода очень многое (если не всё) определяется погрешностями/критериями достоверности вычислительной процедуры.

итак, важно не только на чём/чем считать, но и что именно считать. Если Вы уточните, то может быть ответ будет точнее... (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif) Но gaussian - самый надежный и удобный.
PS Happy computing! (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif)


Занимаюсь комплексными соединениями переходных металлов с органическими лигандами, 20-40 неводородных атомов плюс один атом металла (Cu, Ni, Co, Zn). Электронные оболочки открытые, кроме Zn, конечно. Думаю использовать для металла псевдопотенциал LanL2DZ, для остальных атомов - 6-31G(d), теория - DFT B3LYP. (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif)
Что Вы думаете по поводу этого варианта.

Еще есть вопрос, что такое RI-Hartree-Fock and RI-DFT, раньше никогда не встречал. (IMG:style_emoticons/default/skonfuzen.gif)
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
Ллюль
сообщение 15.03.2008, 9:09
Сообщение #23


Доцент
******

Группа: Member
Сообщений: 1654
Регистрация: 10.11.2006
Пользователь №: 3120
Поблагодарили: 882 раз(а)




Лучше попробуй схему LanL2DZ/D95(d,p), чтобы DZ функции не мешать с одноэкспонентными.


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
ycheff
сообщение 15.03.2008, 16:52
Сообщение #24


Ректор
********

Группа: Moderator
Сообщений: 6489
Регистрация: 9.12.2006
Из: Моск. обл.
Пользователь №: 3363
Поблагодарили: 12887 раз(а)




RI - resolution of identity - "Предположение идентичности" дополнительного базисного набора, используемого при описании межэлектронного отталкивания, спин-орбитального взаимодействия и др.


--------------------
I've never been clever, because need it never...


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 16.03.2008, 16:42
Сообщение #25


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Цитата
asp99: для металла псевдопотенциал LanL2DZ, для остальных атомов - B3LYP/6-31G(d) .

Цитата
Ллюль: схема LanL2DZ/D95(d,p)


Расчет методами квантовой химии=численный эксперимент, значит, требуется определенная настойка вычислительной схемы под конкретную задачу. Имеет смысл попробовать и тот и другой базисы (IMG:style_emoticons/default/04.gif) (я кратко просмотрел работы Дэвидсона. Но я бы предпочел данниговский тип базисного набора,e.g. DZ,pVDZ). Но ещё раз подчеркну, что найти a-priori приемлемую точку в триаде наилучший/наибольший/различные баз.наборы довольно трудно (если вообще возможно (IMG:style_emoticons/default/03.gif) ).
Есть одно обстоятельство моего предпочтения данниговского типа базисного набора над поппловским, если Вы выберете Orca хотя бы для первого этапа оптимизаций геометрии, то нужно отметить, что Orca - бесплатный клон прог.пакета Turbomole, который разрабатывался в том числе Даннингом/Клоппером (есть ли смысл добавить в отмеченную триаду ещё что-нибудь? (IMG:style_emoticons/default/26.gif) ), лучше работает с Z-набором.
Будьте готовы вместо B3LYP применить BPW91 или B3PW91 на первом этапе оптимизаций (расчет быстрее - потом с полученной геометрии хоть B3LYP, хоть ещё что-то ... )


Одно могу порекомендовать точно - необходимо проверять (IMG:style_emoticons/default/excl.gif) стабильность волновой ф-ции




Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 16.03.2008, 17:14
Сообщение #26


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Цитата
asp99 Дата 14.03.2008, 10:22 вопрос, что такое RI-Hartree-Fock and RI-DFT

Цитата
ycheff Дата Вчера, 16:52
RI - resolution of identity - "Предположение идентичности" дополнительного базисного набора, используемого при описании межэлектронного отталкивания, спин-орбитального взаимодействия и др.


В целом правильно - при RI - вычислении применяются два базисных набора (основной и вспомогательный, см. пример)
Пример:
auxiliary basis sets for B-F (TZVPP):
s p d f g
basis 62111 411 11 1
jbas (RI-DFT) 3111111 111 111 1
jkbas (RI-HF) 1111111111 1111111 11111 11 1
cbas (RI-MP2) 11111111 111111 2111 111 1

-Goal: RI errors 1 order of magnitude smaller than energy changes due to basis set changes
-use atom centred Gaussians, but different sets for J, K, and MP2
-optimization: minimize at the atoms.

скоро подготовлю маленькую презентацию (IMG:style_emoticons/default/skonfuzen.gif) (по мотивам одной общедоступной работы, скачанной забыл
откуда ) , где будет пояснено - RI - следствие применения аппроксимирующей функции (произведение орбиталей заменяется суммой ортиталей "вспомогательного" базисного набора).

ps
Цитата
маленькую презентацию
Эта работа часть лекции по программному пакету Turbomole. Прикрепляю её без изменений. (IMG:style_emoticons/default/skonfuzen.gif)

Сообщение отредактировал eurisco1 - 25.03.2008, 17:23
Эскизы прикрепленных изображений
Прикрепленное изображение
 

Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  RI_lecture_Turbo.pdf ( 789.08 килобайт ) Кол-во скачиваний: 2275
 


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
asp99
сообщение 16.04.2008, 6:35
Сообщение #27


Магистр
****

Группа: Member
Сообщений: 398
Регистрация: 14.8.2005
Из: Россия
Пользователь №: 114
Поблагодарили: 66 раз(а)




Благодарю за советы, скачал программу ORCA, начинаю разбираться. А существуют ли программы для визуализации результатов расчетов, полученных ORCA (аналог GaussView и подобных)? В одной из публикаций видел ссылку на gOpenMol, кто-нибудь слышал о ней? (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif)
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 23.04.2008, 22:49
Сообщение #28


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Цитата
asp99 Дата 16.04.2008, 7:35 А существуют ли программы для визуализации результатов расчетов, полученных ORCA (аналог GaussView и подобных)? В одной из публикаций видел ссылку на gOpenMol, кто-нибудь слышал о ней?


и слышали, и видели, и пытались использовать. Кроме того пытались использовать VMO.... Но не очень уж удачно.
Не удалось заставить их работать нормально ...
Видимо, можно посоветовать генерировать в ОРКА куб-файлы для GaussView.
Впрочем, планирую настроить для визуализации процесса оптимизации другую программу ...


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 25.04.2008, 11:54
Сообщение #29


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Имеет смысл уточнить:
1. Для просмотра шагов оптимизации и частот валентных колебаний лучше всего подходит Molden весрии 4.6 или его OpenGL разновидность gMolden (http://www.cmbi.kun.nl/molden/howtoget.html). Программа понимает нативный выходной файл ORCA и не требует использования конвертера orca_pltvib;

2. Для визуализации молекулярных орбиталей можно использовать вариант с *.cube - файлами формата Gaussian (об чём упоминалось выше)


а если нужна только одна из точек (например, оптмизированная геометрия), то можно вырезать -> вставить в gjf - файл (с любым Route Section) - получить красивую картинку. (IMG:style_emoticons/default/rolleyes.gif)


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
Ллюль
сообщение 22.01.2009, 14:18
Сообщение #30


Доцент
******

Группа: Member
Сообщений: 1654
Регистрация: 10.11.2006
Пользователь №: 3120
Поблагодарили: 882 раз(а)




Кто-нибудь считал в гауссиане УФ спектры поглощения молекул? Если кто знает, подскажите как это делать.
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 22.01.2009, 15:18
Сообщение #31


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Цитата(Ллюль @ 22.01.2009, 14:18) *
Кто-нибудь считал в гауссиане УФ спектры поглощения молекул? Если кто знает, подскажите как это делать.


Я не специализируюсь на УФ спектрах поглощения, но попытаться помочь могу. В приложении некоторые примеры
job-файлов.
Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  TO_Uv_Vis.zip ( 2.03 килобайт ) Кол-во скачиваний: 766
 


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 22.01.2009, 22:53
Сообщение #32


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Имеет смысл добавить


Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  1.ZIP ( 867 байт ) Кол-во скачиваний: 726
 


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
Ллюль
сообщение 23.01.2009, 10:33
Сообщение #33


Доцент
******

Группа: Member
Сообщений: 1654
Регистрация: 10.11.2006
Пользователь №: 3120
Поблагодарили: 882 раз(а)




Я так понял, визуализации спектра нет. Я не совсем понял, что на выходе тут нужно смотреть, чтоб с экспериментом сравнивать.
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
eurisco1
сообщение 23.01.2009, 19:24
Сообщение #34


Магистр
****

Группа: Moderator
Сообщений: 633
Регистрация: 23.7.2005
Пользователь №: 11
Поблагодарили: 312 раз(а)




Цитата(Ллюль @ 23.01.2009, 10:33) *
Я так понял, визуализации спектра нет. Я не совсем понял, что на выходе тут нужно смотреть, чтоб с экспериментом сравнивать.


гАуссиан выдаёт только энергии, а не сам спектр.
Для визуализации можно (обычно рекомендуют) использовать

SWizard is a user-friendly program (supported OS: MS Windows 2000, Windows XP) for postprocessing of spectral data. A spectrum is convoluted as a sum of Gaussian, Lorentzian, or pseudo-Voigt functions.

For UV-Vis spectra, the program reads excitation energies and oscillator strengths directly from output files and produces electronic spectra of molecules in the ASCII data format.

For IR/Raman spectra, the program reads the vibrational frequencies and intensities directly from Gaussian 98/03 or "free-format" files and produces vibrational spectra of molecules in the ASCII data format.

The generated SWizard data files can be readily imported to Excel, JPlot, KaleidaGraph, Origin, Quattro Pro, SigmaPlot or any other similar programs.

http://www.sg-chem.net/swizard/

или Gabedit

Вот ещё полезная сссылка
https://www.wiki.ed.ac.uk/display/EaStCHEMr...ian+calculation

в .out файле нужно смотреть (если я правильно понимаю) (из примера test569.gjf первый внутренний линк )

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State 1: ?Spin -E2U 1.6506 eV 751.17 nm f=0.0000
23A -> 24A 1.01603
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(RPA) = -231.756193812
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State 2: ?Spin -E2U 1.6509 eV 751.03 nm f=0.0000
22A -> 24A 1.01600

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 3: ?Spin -?Sym 2.1725 eV 570.71 nm f=0.0000
22A -> 25A 0.71879
23A -> 26A 0.72080

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 4: ?Spin -?Sym 2.2089 eV 561.30 nm f=0.0000
22A -> 26A -0.69337
23A -> 25A 0.73658

и т.д.


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
ycheff
сообщение 7.06.2009, 20:29
Сообщение #35


Ректор
********

Группа: Moderator
Сообщений: 6489
Регистрация: 9.12.2006
Из: Моск. обл.
Пользователь №: 3363
Поблагодарили: 12887 раз(а)




Gaussian 03W Rev. E-01
Для просмотра этого блока необходима регистрация



--------------------
I've never been clever, because need it never...


Поблагодарили:
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
Ллюль
сообщение 13.06.2009, 23:23
Сообщение #36


Доцент
******

Группа: Member
Сообщений: 1654
Регистрация: 10.11.2006
Пользователь №: 3120
Поблагодарили: 882 раз(а)




Вышел Gaussian 09.
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
opeth
сообщение 24.08.2009, 14:22
Сообщение #37


Абитуриент
*

Группа: Member
Сообщений: 12
Регистрация: 22.8.2009
Пользователь №: 37331
Поблагодарили: 3 раз(а)




Про решение задачи об UV-VIS спектрах - это методы TDDFT и TDHF, потребуется работа с ними. О визуализации спектров - такое ПО, как ChemCraft и GaussVIew версии 4 с этим справляются - просто откройте log-файл.
ycheff, самое главное написать забыли Вы: в комплекте Gaussian 03 E1 для Windows (который с руборды), это не полный дистибутив, это программа-обновление, которая обновляет Ваш G03W до Е01. Для него требуется предустановленный G03W или правка реестра

Сообщение отредактировал opeth - 25.08.2009, 13:54
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
Ллюль
сообщение 28.03.2010, 2:02
Сообщение #38


Доцент
******

Группа: Member
Сообщений: 1654
Регистрация: 10.11.2006
Пользователь №: 3120
Поблагодарили: 882 раз(а)




Тестовые расчёты на процессорах видеокарт:

http://www.nvidia.com/object/computational_chemistry.html
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение
Ллюль
сообщение 25.06.2010, 12:25
Сообщение #39


Доцент
******

Группа: Member
Сообщений: 1654
Регистрация: 10.11.2006
Пользователь №: 3120
Поблагодарили: 882 раз(а)




колитесь, у кого получалось запустить gaussian с линдой в параллельном режиме на нескольких компах?
Перейти в начало страницы
+Цитировать сообщение

2 страниц V   1 2 >
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 



Текстовая версия Сейчас: 1.05.2025, 21:07


Rambler's Top100